若案件进入执行阶段，被执行人名下有按揭房且属于夫妻共同财产，法院一般会先对房屋进行价值评估，再根据具体情况采取查封、拍卖等措施，同时会保障配偶方的合法权益。具体处理方式如下：

一、房屋性质认定

1. 若房屋为夫妻共同财产：

   • 即使房产证上只登记了一方名字，若购房发生在婚姻关系存续期间且无特殊约定，通常认定为共同财产。
   • 执行时需保留配偶方50%的财产份额，仅对被执行人所属部分进行处置。

2. 若房屋为被执行人个人财产：

   • 如婚前全款购买或婚后明确约定为个人所有，法院可直接处置整套房产。
   • 但需注意，若按揭贷款由夫妻共同偿还，配偶方可能对增值部分享有权益。

二、执行程序流程

1. 查封阶段：

   • 法院会向不动产登记中心发送协助执行通知，对房屋进行查封登记。
   • 查封期间，房屋不得办理过户、抵押等手续，但不影响居住使用。

2. 评估拍卖：

   • 法院会委托专业机构对房屋进行价值评估。
   • 评估后，若被执行人未履行义务，法院将启动拍卖程序。
   • 拍卖所得需先偿还银行贷款余额，剩余款项用于清偿债务。

3. 配偶权益保障：

   • 若房屋为共同财产，法院会在拍卖后保留配偶方应得份额。
   • 配偶方可通过提出执行异议或参与分配程序主张权利。

三、特殊情形处理

1. 唯一住房执行：

   • 若该房屋为被执行人及其所扶养家属唯一居住住房，法院可能暂缓处置。
   • 但若被执行人能提供其他居住场所，或申请执行人同意参照当地房屋租赁市场平均租金标准支付租金，法院可强制执行。

2. 贷款清偿责任：

   • 拍卖后，若房屋价值不足以清偿全部债务，被执行人仍需承担剩余债务。
   • 若房屋价值超过债务，超出部分归被执行人所有（共同财产中配偶方份额除外）。

四、实务建议

1. 被执行人应：

   • 主动与申请执行人协商还款方案，避免房屋被拍卖。
   • 若房屋为共同财产，及时通知配偶方参与执行程序。

2. 配偶方应：

   • 保留购房合同、付款凭证等证据，证明财产归属。
   • 在执行阶段及时提出异议，维护自身权益。

提示：执行程序涉及财产处置、权益分配等复杂问题，建议根据具体案情向我进一步咨询。