在认定工伤但交通事故无法确定第三方的情况下，住院费的承担主体需根据具体情况来确定。以下是从不同角度进行的分析：
一、工伤保险基金承担的情况
员工在职且已参保：
- 根据《工伤保险条例》第三十条，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。治疗工伤所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付。
- 若交通事故被认定为工伤，且住院费用符合上述目录和标准，那么这部分费用应由工伤保险基金承担。
- 操作流程：劳动者需先向社会保险行政部门提出工伤认定申请，认定为工伤后，进行劳动能力鉴定。之后，持相关材料（如诊断证明、病历、工伤认定决定书等）前往工伤保险经办机构办理费用报销手续。
报销所需材料：
- 经备案的《工伤职工二次住院申请备案表》（如有要求）。
- 填写完备并加盖单位公章的《职工工伤待遇申请表》。
- 工伤认定书原件及复印件。
- 工伤职工身份证原件及复印件。
- 定点医疗机构医疗费用发票原件及费用清单。
- 门诊病历原件和复印件。
- 住院病案（如有）。
- 诊断证明原件及复印件。
二、用人单位承担的情况
未依法缴纳工伤保险：
- 根据《工伤保险条例》第六十二条，依照本条例规定应当参加工伤保险而未参加工伤保险的用人单位职工发生工伤的，由该用人单位按照本条例规定的工伤保险待遇项目和标准支付费用。
- 若用人单位未为劳动者缴纳工伤保险，且交通事故被认定为工伤，那么住院费用应由用人单位承担。
第三人不支付或无法确定：
- 在交通事故中，若第三人无法确定或拒绝支付工伤医疗费用，根据相关规定，用人单位需先行支付。
- 用人单位支付后，有权向第三人追偿（若后续确定第三人身份）。
三、特殊情况与综合建议
了解政策：
- 在处理此类问题时，建议先查阅所在地区的工伤保险政策，了解具体的报销范围和流程。
准备材料：
- 准备好必要的医疗费用单据、诊断证明等材料，以便及时向工伤保险机构或用人单位提交报销申请。
积极沟通：
- 与工伤保险机构和用人单位保持积极沟通，确保费用能够顺利报销或承担。
寻求法律帮助：
- 若在处理过程中遇到困难或争议，如用人单位拒绝支付或工伤保险机构不予报销，可寻求专业律师的帮助来维护自己的合法权益。
行动建议：
- 首先，确认是否已参加工伤保险，并了解当地的工伤保险政策。
- 其次，收集并整理好所有相关的医疗费用单据和诊断证明等材料。
- 然后，与用人单位和工伤保险机构进行沟通，了解报销或承担的具体流程和要求。
- 最后，若遇到困难或争议，及时寻求法律帮助以维护自己的权益。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。