离职协议中写明泄露公司机密需支付违约金，这一条款的合法性需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 保密义务与违约金的合法性基础

• 保密义务：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者在劳动合同期间及离职后，对知悉的用人单位商业秘密负有保密义务。这是基于劳动关系中的诚信原则和公平原则。
• 违约金条款：然而，对于保密义务，劳动合同法并未直接规定可以约定违约金。违约金通常适用于违反服务期约定或竞业限制约定的情形。因此，单纯以泄露公司机密为由约定违约金，可能缺乏直接的法律依据。

2. 竞业限制与违约金的关联

• 如果离职协议中的“泄露公司机密”条款实际上与竞业限制相关，即劳动者在离职后一定期限内不得从事与用人单位相竞争的业务，且该竞业限制条款符合法律规定（如限制期限不超过两年、用人单位支付了经济补偿等），则在此情况下，因违反竞业限制义务而泄露公司机密，用人单位可以要求劳动者支付违约金。
• 但需要注意的是，竞业限制条款和违约金条款必须明确、具体，且符合法律法规的规定，否则可能被认定为无效。

3. 实际损失与赔偿

• 即使离职协议中的违约金条款无效，如果劳动者确实泄露了公司机密并给用人单位造成了实际损失，用人单位仍然有权依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，要求劳动者承担赔偿责任。
• 赔偿范围通常包括直接经济损失和因调查、制止侵权行为所支付的合理费用等。

4. 建议与注意事项

• 对于劳动者：在签署离职协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于保密义务和违约金的约定。如有疑问或不明之处，应及时向用人单位或专业律师咨询。
• 对于用人单位：在制定离职协议时，应确保协议条款符合法律法规的规定，避免约定无效或不合法的条款。同时，应明确保密义务的具体内容和范围，以及违反保密义务可能承担的法律责任。
• 双方共同注意事项：无论是劳动者还是用人单位，都应认识到保密义务的重要性，并采取措施确保商业秘密的安全。在发生争议时，应依法通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决。