核心前提与问题重述：企业因虚开发票行为导致税款被员工扣押，需解决税款追回及法律风险防控问题。核心要点包括：1）员工扣押税款的合法性；2）企业虚开发票的法律责任；3）追回税款的合法途径。

结论前置：

1. 员工扣押税款无合法依据，企业可通过协商、投诉或诉讼追回；
   
2. 企业虚开发票行为可能面临行政处罚或刑事责任，需立即整改并配合调查；
   
3. 建议同步处理内部管理漏洞，避免后续风险。

详细分析：

一、员工扣押税款的合法性分析

根据《民法典》及《劳动合同法》，员工无权以任何理由扣押企业财产（包括税款）。即使员工主张企业存在违法行为（如虚开发票），其扣押行为仍构成侵权，企业可通过以下途径追回：

1. 协商解决：与员工沟通，明确扣押行为的违法性，要求其立即返还；
   
2. 投诉举报：向劳动监察部门投诉员工违法行为，要求介入调解；
   
3. 民事诉讼：若协商无果，可向法院提起“返还原物纠纷”诉讼，主张员工返还税款并赔偿损失。
   

风险提示：若员工以“举报虚开发票”为由威胁企业，可能涉及敲诈勒索，企业可同步向公安机关报案。

二、企业虚开发票的法律责任

虚开发票（包括为他人、为自己、让他人为自己或介绍他人虚开）违反《发票管理办法》及《刑法》第二百零五条，可能面临：

1. 行政处罚：由税务机关没收违法所得，并处罚款（虚开金额1倍以下）；
   
2. 刑事责任：虚开税款数额较大（如1万元以上）或造成国家税款损失的，可能构成“虚开发票罪”，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；
   
3. 信用惩戒：企业及直接责任人员可能被纳入税收违法“黑名单”，影响征信及经营。
   

行动建议：

• 立即停止虚开发票行为，补缴应纳税款及滞纳金；
  
• 配合税务机关调查，主动整改并提交书面说明；
  
• 内部排查财务及发票管理漏洞，完善合规制度。

三、追回税款与风险防控的同步处理

1. 追回税款优先：无论企业是否存在虚开发票行为，员工扣押税款均无合法依据，应优先通过法律途径追回；
   
2. 自查自纠：企业需对虚开发票行为进行全面自查，区分“善意取得”与“恶意虚开”，降低刑事风险；
   
3. 员工管理：若员工扣押税款系因对企业违法行为的不满，需通过合规整改、沟通安抚等方式化解矛盾，避免事件扩大。

最后提醒：虚开发票问题涉及税务合规与刑事风险，建议企业尽快委托律师介入，制定整改方案并协助与税务机关沟通。如有进一步疑问，可直接向我咨询。