首先，员工故意开票克扣是一种严重的违纪行为，不仅违反了公司的财务制度，还可能触犯法律。针对这种情况，你可以采取以下措施：

1. 立即调查并核实情况：

   • 收到关于员工故意开票克扣的举报或发现相关线索后，应立即启动内部调查程序。
   • 通过审查相关票据、账目和交易记录，核实员工的开票行为是否存在克扣情况。
   • 如有必要，可邀请专业审计人员或法务人员参与调查，以确保调查的公正性和准确性。

2. 依据公司规定处理：

   • 如果调查证实员工确实存在故意开票克扣的行为，应根据公司的规章制度进行严肃处理。
   • 处理措施可能包括警告、罚款、降职、辞退等，具体取决于公司规定和员工的违纪程度。
   • 同时，应确保处理过程公开透明，让员工了解并接受处理结果。

3. 加强内部控制和监管：

   • 针对此次事件，反思公司内部控制和监管机制是否存在漏洞。
   • 加强财务审批流程、票据管理制度和内部审计机制，防止类似事件再次发生。
   • 定期对员工进行财务制度和职业道德的培训，提高员工的法律意识和职业操守。

4. 考虑法律途径：

   • 如果员工的克扣行为涉及金额较大或情节严重，可能构成犯罪，应及时向公安机关报案。
   • 在法律框架内，追究员工的法律责任，维护公司的合法权益。

5. 预防与后续跟进：

   • 建立健全举报机制，鼓励员工积极举报违纪行为。
   • 对举报人给予保护和支持，确保举报渠道畅通无阻。
   • 对处理结果进行后续跟进，确保问题得到彻底解决。

总之，面对员工故意开票克扣的问题，公司应迅速采取行动，调查核实情况，依据公司规定处理，并加强内部控制和监管。同时，也要考虑法律途径来维护公司的合法权益。如果你在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。