在行政处罚过程中，如果发现企业已经注销，这确实是一个需要特殊处理的情况。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们要明确的是，行政处罚的对象是企业这一法人实体。当企业在行政处罚之前注销时，其作为行政处罚对象的资格就不复存在了。因为行政处罚是针对具有法律人格的主体进行的，而企业注销后，其法律人格即告消灭，因此无法再对其进行行政处罚。

在这种情况下，行政机关可能会将该案作为结案处理。这是因为，既然行政处罚的对象已经不存在，那么继续进行行政处罚就失去了意义。行政机关会依据相关法律法规和程序，对该案进行终结处理。

然而，值得注意的是，企业并不能通过注销来轻易逃避行政处罚。因为企业在注销前，需要经过一系列的手续审核与审批，包括清算、公告、注销登记等。在这个过程中，如果行政机关发现企业存在未了结的行政处罚事项，可能会阻止其注销。或者，即使企业已经注销，行政机关也可以通过其他途径，如追究企业原股东或相关责任人的法律责任，来维护法律的权威和公正。

此外，我们还需要了解行政处罚的一些基本原则，如处罚法定原则。这一原则要求行政处罚必须依据法律、法规或规章的规定进行，没有法定依据或不遵守法定程序的行政处罚是无效的。因此，在处理企业注销后的行政处罚问题时，行政机关必须严格遵守法律法规和程序规定。

综上所述，如果在行政处罚过程中发现企业已经注销，行政机关可能会将该案作为结案处理。但企业并不能通过注销来逃避行政处罚，行政机关会依法采取其他措施来维护法律的权威和公正。