结论前置：停薪留职期间有犯罪记录，是否影响退休办理需分情况判断，核心依据是犯罪性质、服刑情况及单位规定。以下是具体分析：

1. 犯罪性质与服刑情况是关键

• 若犯罪为“过失犯罪”且未被剥夺政治权利：根据《关于退休人员被判刑后有关养老保险待遇问题的复函》（劳社厅函〔2001〕44号），过失犯罪被判刑后，若未被剥夺政治权利，且服刑期间已满，通常不影响退休资格，可按原缴费年限办理退休。
• 若犯罪为“故意犯罪”且被判刑：根据《社会保险法》及相关规定，故意犯罪被判刑期间，养老保险缴费年限暂停计算，服刑期满后需补缴或重新计算缴费年限。若服刑期间已达退休年龄，需待服刑期满后申请退休。
• 若被判处剥夺政治权利：根据《公务员法》及事业单位管理规定，被剥夺政治权利的人员在剥夺期间不得享受退休待遇，需待权利恢复后重新申请。

2. 单位规定可能影响办理流程

• 企业职工：若单位与员工签订的停薪留职协议中明确“犯罪记录作为解除合同条件”，则单位可能以“严重违反规章制度”为由解除劳动关系，此时需先确认劳动关系是否存续。若劳动关系已解除，需以个人身份申请退休。
• 机关事业单位人员：根据《事业单位工作人员处分暂行规定》，故意犯罪被判刑的人员，单位可给予开除处分，开除后不再享受退休待遇；过失犯罪被判刑的，可能影响职务晋升或工资待遇，但通常不影响退休资格。

3. 操作建议

• 第一步：确认犯罪记录性质：向法院或公安机关调取判决书，明确犯罪类型（故意/过失）、刑期及是否剥夺政治权利。
• 第二步：联系社保部门：携带身份证、判决书、停薪留职协议等材料，向当地社保局咨询具体办理要求（如是否需要补缴、是否需单位出具证明等）。
• 第三步：与单位协商：若单位以“犯罪记录”为由拒绝配合办理退休，可要求单位出具书面依据，并依据《劳动合同法》主张权利。

4. 风险提示

• 若服刑期间未缴纳养老保险，可能导致缴费年限不足，需补缴至最低年限（通常15年）方可办理退休。
• 若单位已解除劳动关系且未办理社保转移，需先办理社保关系接续，再申请退休。

总结：停薪留职期间有犯罪记录不影响退休资格的核心条件是“犯罪性质非故意且未被剥夺政治权利”，但具体办理需结合服刑情况、单位规定及社保政策。建议尽快整理材料，向社保部门和单位同步咨询，避免因流程延误影响退休待遇。如有进一步疑问，可直接向我提问。