当车辆与自行车发生事故，且涉及门店（假设门店为车辆方或自行车方所属）时，赔偿流程主要遵循《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，并结合具体的保险条款进行。以下是一个清晰、详细、有深度的解答：

一、责任判定

1. 事故责任认定：首先，需要由交警部门对事故进行现场勘查，并根据事故情况出具事故责任认定书。这是确定赔偿责任和比例的重要依据。

2. 责任划分：

   • 如果非机动车（自行车）驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任。
   • 有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。
   • 机动车一方没有过错的，承担不超过百分之十的赔偿责任。
   • 如果事故是由非机动车驾驶人、行人故意碰撞机动车造成的，机动车一方不承担赔偿责任。

二、赔偿项目

赔偿项目通常包括医疗费、护理费、营养费、误工费、交通补助费等。这些费用的赔偿标准应按照医疗机构出具的收费单据或医嘱进行确定。

三、赔偿流程

1. 保险理赔：

   • 机动车方应首先向自己的保险公司报案，并提供相关证明和资料。
   • 保险公司会在收到资料后5日内对是否属于保险责任作出核定，并通知被保险人。
   • 对于属于保险责任的，保险公司会与被保险人达成赔偿协议，并在10日内支付赔偿金。

2. 门店赔偿：

   • 如果门店是车辆方或自行车方所属，且事故责任在门店一方，那么门店需要按照事故责任认定书的比例承担相应的赔偿责任。
   • 门店可以通过其保险进行赔付，或者直接与受害者协商赔偿事宜。

3. 多方责任分摊：

   • 如果事故涉及多个责任方，各责任方应按照责任大小进行赔偿的分摊。
   • 无法确定具体责任大小的，各责任方应平均分摊赔偿责任。

四、注意事项

1. 保留证据：事故发生后，应妥善保留相关证据，如事故现场照片、医疗单据、交警部门出具的事故责任认定书等。

2. 及时报案：机动车方应及时向保险公司报案，以便保险公司能够及时进行理赔处理。

3. 协商处理：在赔偿过程中，各方应本着公平、合理的原则进行协商处理。如果协商不成，可以通过法律途径解决争议。

综上所述，当车辆与自行车发生事故且涉及门店时，赔偿流程需要遵循相关法律法规和保险条款的规定。通过交警部门的事故责任认定、保险公司的理赔处理以及各方的协商处理，可以确保赔偿事宜得到妥善解决。