三方协议盖合同章通常是有效的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、合同章的法律效力

合同章是单位对外签订合同时使用的印章，具有法律效力。根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，只要三方协议的内容不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，且盖章是各方真实意思表示，那么加盖合同章的三方协议就是合法有效的，对三方均具有法律约束力。

二、盖章主体的合法性

1. 合法主体盖章：如果盖章的主体是合法的，即具有签订协议的资格和权限，那么加盖合同章的三方协议就是有效的。例如，公司、学校、学生三方签订就业协议，各方盖各自公章或合同章，该协议对三方均具约束力。
2. 非法主体或无权盖章：如果盖章的主体并非合法的协议签订方，或者没有得到相应的授权，那么加盖的合同章可能无法使协议生效。例如，若盖章主体并非公司或其有授权的分支机构，协议通常无效，因为盖章不一致意味着签订协议的主体存在问题，无法体现公司真实的意思表示。

三、协议内容的合法性

除了盖章主体的合法性外，协议内容的合法性也是判断三方协议是否有效的关键因素。如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么即使加盖了合同章，该协议也可能是无效的。

四、特殊情况的处理

1. 协议有特别约定：如果三方协议中对盖章形式有特别约定，比如明确规定需盖公章等其他章，那么盖合同章可能就不符合要求，此时协议可能因未满足特定形式要件而无效或存在效力瑕疵。
2. 地区或行业差异：不同地区、不同行业对于三方协议盖章的有效性理解和执行标准也可能存在差异。因此，在签订三方协议时，最好了解并遵循当地或行业的惯例和规定。

五、法律建议

1. 在签订三方协议前，应仔细审查协议内容，确保其不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。
2. 确认盖章主体的合法性和权限，避免因盖章主体问题导致协议无效。
3. 如果对方对盖章形式有特别要求，应按照要求执行，以免影响协议的效力和履行。
4. 在协议签订后，应妥善保管协议原件，以备不时之需。

示例：假设A公司、B学校和C学生签订了一份三方就业协议，A公司加盖了合同章，B学校和C学生也分别加盖了公章和签字。只要该协议内容合法、表意真实，且A公司的盖章行为得到了合法授权，那么这份三方协议就是有效的。

综上所述，三方协议盖合同章通常是有效的，但具体还需结合协议内容、签订主体等多方面因素进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。