水库淹没区已经淹没并不直接等同于违法用地，是否违法需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、政策规定角度
根据自然资源部办公厅印发的《关于水利水电工程中水库（河流）水面淹没区用地审批有关事项的通知》，水利水电工程（包括水库、水电站、河道整治、航道拓宽等项目）中的水面淹没区，在用地审批上有其特殊规定：
主体工程与淹没区审批：水利水电工程中的主体工程应办理农用地转用手续，而水库（河流）水面淹没区则不办理农用地转用手续。这意味着，淹没区本身并不因未办理农用地转用手续而构成违法用地。
土地征收与报批：涉及使用农民集体所有土地的淹没区，应办理土地征收手续，并按淹没前的现状地类报批。只要按照这一规定办理了相关手续，淹没区的使用就是合法的。
耕地与永久基本农田保护：淹没区涉及占用耕地的，需先行落实补充耕地；涉及占用永久基本农田的，需按照数量不减、质量不降原则落实永久基本农田补划任务。这些规定旨在保护耕地和永久基本农田，但并不意味着淹没区本身违法。
二、违法用地判定角度
违法用地通常指的是未经批准或未按照批准用途使用土地的行为。在水库淹没区的情境下，要判定是否违法用地，需关注以下几点：
是否办理了相关手续：如土地征收手续、农用地转用手续（如适用）等。未办理相关手续而擅自使用土地的，可能构成违法用地。
是否符合规划与用途管制：淹没区的使用需符合国土空间规划和用途管制要求。如违反规划或用途管制使用土地的，可能构成违法用地。
是否侵犯了他人权益：如淹没区的使用导致他人土地被淹没或权益受损，且未给予合理补偿的，可能涉及侵权问题，但并不直接等同于违法用地。
三、法律建议
核查手续：如您涉及水库淹没区用地问题，建议首先核查是否已办理了相关手续，如土地征收手续、农用地转用手续等。
咨询专业意见：如对淹没区用地的合法性存在疑问，建议咨询当地自然资源部门或专业律师，以获取更准确的法律意见。
关注规划与用途管制：在使用淹没区时，需关注国土空间规划和用途管制要求，确保使用行为符合相关规定。
总结来看，水库淹没区已经淹没并不直接等同于违法用地。是否违法需结合具体情况判断，包括是否办理了相关手续、是否符合规划与用途管制要求等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。