针对您提出的“村长在自己家农田填土怎么处理”的问题，这涉及到耕地保护和土地管理的重要方面，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，任何未经批准的填土行为都可能构成对耕地的破坏。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，国家保护耕地，严格控制耕地转为非耕地。如果因非农业建设或农业生产结构调整确需占用耕地，必须依法办理相关手续，并实行占用耕地补偿制度。
对于村长在自己家农田填土的情况，如果这一行为未经相关部门批准，且改变了耕地的原有用途或破坏了耕地的耕作层，那么这一行为就是违法的。具体来说，可能涉及以下问题：
违法占地：未经批准擅自占用耕地进行填土，属于违法占地行为。根据《土地管理法》的规定，对违法占地行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。
破坏耕地：如果填土行为破坏了耕地的耕作层，导致耕地无法继续用于农业生产，那么这一行为就构成了对耕地的破坏。根据相关法律法规，破坏耕地的行为将受到严厉的处罚，包括责令限期改正、罚款，甚至可能追究刑事责任。
村干部责任：作为村干部，村长有管理本村集体土地的职责。如果村长对违法占地、破坏耕地等行为不履职尽责，甚至参与其中，那么根据《中国共产党纪律处分条例》和《公职人员政务处分法》等相关规定，村长将受到相应的纪律处分或政务处分。
针对这一情况，建议您采取以下措施：
立即停止填土行为：如果填土行为尚未完成或正在进行中，应立即停止，以避免进一步的法律后果。
向相关部门报告：将填土情况及时报告给当地自然资源主管部门或农业农村主管部门，以便相关部门进行调查和处理。
配合调查处理：积极配合相关部门的调查工作，如实提供相关信息和证据，以便相关部门能够准确判断填土行为的性质和后果。
加强耕地保护意识：作为村干部，应加强对耕地保护政策的学习和宣传，提高村民的耕地保护意识，共同维护好本村的耕地资源。
总之，村长在自己家农田填土的行为必须依法进行，未经批准擅自填土将构成违法占地和破坏耕地行为，将受到法律的严厉制裁。希望以上解答能够对您有所帮助。