超市和员工签署承包协议，在符合法律规定及双方真实意愿的情况下，是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、法律角度
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿依法设立、变更、终止民事法律关系。这意味着，只要双方自愿且不违反法律强制性规定，超市和员工之间可以签署承包协议。
劳动合同与承包协议的区别：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。而承包协议则更多是一种经济合作方式，双方约定由承包方（员工）承担一定的工作任务或项目，并按照约定获取报酬。
- 如果承包协议实质上改变了劳动关系的本质，例如员工仍然接受超市的管理、指挥和监督，且主要工作为超市提供劳务，那么该协议可能被视为劳动合同的一种变形，需要遵守劳动法的相关规定。
合法性要件：
- 承包协议必须明确双方的权利和义务，包括工作内容、报酬、支付方式、违约责任等。
- 协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害社会公共利益。
- 双方签署协议时应当具有完全民事行为能力，且协议签署过程应当自愿、公平、诚实信用。
二、实践角度
超市运营模式：
- 超市作为零售企业，其运营模式多样。在某些情况下，超市可能将部分业务（如货架管理、商品陈列等）承包给员工，以提高运营效率和灵活性。
- 这种承包模式在超市行业中并不罕见，但关键在于协议内容的合法性和合理性。
员工权益保护：
- 即使签署承包协议，超市也应当保障员工的合法权益，如提供必要的工作条件、支付合理的报酬、确保工作安全等。
- 如果承包协议导致员工权益受损，员工有权依法维护自己的权益，包括向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
三、风险与建议
风险点：
- 承包协议可能被认定为劳动合同，从而适用劳动法的相关规定。如果超市未按照劳动法规定支付工资、提供社会保险等，可能面临法律责任。
- 协议内容不明确或存在漏洞，可能导致双方在执行过程中产生争议。
建议：
- 超市在签署承包协议前，应当仔细审查协议内容，确保其合法性和合理性。
- 双方可以明确协议的性质和目的，避免被认定为劳动合同。
- 超市应当保障员工的合法权益，遵守相关法律法规，避免因违法而承担法律责任。
总结来看，超市和员工签署承包协议在符合法律规定及双方真实意愿的情况下是合法的。但超市在签署协议时应当谨慎审查协议内容，确保其合法性和合理性，并保障员工的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。