总经理的聘任未在工商进行变更登记，其执行权利是否合法需分情况讨论：

1. 公司内部认可与合同效力：

   • 从公司内部治理的角度看，总经理的聘任通常基于公司章程、股东会或董事会的决议。若公司内部已经通过合法程序聘任了总经理，并与其签订了聘任合同，明确了其职权范围，那么在公司内部，该总经理执行其职权是合法的。
   • 工商变更登记并非总经理聘任的生效要件，而是对外公示的一种方式。未进行工商变更登记，不影响公司内部对总经理聘任的认可和其职权的行使。

2. 对外效力与第三人关系：

   • 工商变更登记具有对外公示的效力，对于与公司进行交易的第三人而言，他们通常依赖工商登记的信息来判断公司的管理层和代表权。
   • 若总经理未在工商进行变更登记，而以总经理身份对外签署合同或进行其他法律行为，第三人可能基于工商登记的信息对其身份产生合理怀疑，甚至可能拒绝与其进行交易。
   • 在此情况下，若因未进行工商变更登记导致第三人遭受损失，公司可能需要承担相应的法律责任，因为公司未履行其对外公示的义务。

3. 法律建议与风险防范：

   • 为避免不必要的法律风险和纠纷，公司应在聘任总经理后及时办理工商变更登记手续，确保公司管理层信息的准确性和对外公示的及时性。
   • 同时，公司可以在聘任合同中明确约定，因未进行工商变更登记导致的法律责任由公司承担，以减轻总经理的个人风险。
   • 若因特殊原因无法及时办理工商变更登记，公司应采取其他措施（如发布公告、向重要客户或合作伙伴发送通知等）来确保第三人知晓总经理的聘任情况。

可能面临的法律后果：

• 若因未进行工商变更登记导致第三人遭受损失，公司可能面临赔偿损失、承担违约责任等法律后果。
• 在极端情况下，若公司长期未进行工商变更登记且未采取其他补救措施，可能影响公司的信誉和商业形象，甚至对公司的经营产生不利影响。

综上所述，总经理的聘任未在工商进行变更登记，其执行权利在公司内部通常是合法的，但可能影响其对外效力。为确保公司治理的规范性和法律风险的最小化，建议公司及时办理工商变更登记手续。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。