核心结论：若审计时发现与第三方公司的合同结算金额少于实际应结算金额，可通过协商、内部核查与证据收集、发送律师函、提起诉讼或仲裁等途径维权。以下是具体分析：

1. 协商解决

   • 沟通协商：首先，尝试与第三方公司进行友好沟通，明确指出结算金额存在误差，并提供相关证据（如合同条款、实际工作量记录、发票等）支持你的主张。通过协商，双方可能达成一致，对结算金额进行调整。
   • 协商优势：协商解决具有成本低、效率高的优点，能够避免法律程序带来的时间和金钱成本，同时维护双方商业关系。

2. 内部核查与证据收集

   • 核查合同：仔细审查合同条款，确认结算方式、计价标准、付款时间等关键信息，确保自身主张有合同依据。
   • 收集证据：收集与合同履行相关的所有证据，包括但不限于工作记录、验收报告、沟通邮件、会议纪要等，以证明实际工作量或服务内容与结算金额不符。

3. 发送律师函

   • 律师函作用：若协商无果，可委托律师向第三方公司发送律师函，正式提出结算金额的异议，并要求对方在一定期限内进行复核和调整。律师函具有法律威慑力，可能促使对方重视并解决问题。
   • 律师函内容：律师函应明确指出结算误差的事实、依据及要求，同时表明若对方不配合，将采取进一步法律行动的决心。

4. 提起诉讼或仲裁

   • 诉讼途径：若对方仍拒绝调整结算金额，可向法院提起诉讼，要求对方支付差额款项及可能产生的违约金、利息等。诉讼过程中，需提交充分证据证明自身主张。
   • 仲裁选择：若合同中约定了仲裁条款，则应按照约定向仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活，且仲裁裁决具有强制执行力。
   • 法律程序：无论是诉讼还是仲裁，都需遵循相应的法律程序，包括提交起诉状或仲裁申请书、参加庭审或仲裁听证、等待裁决或判决等。

5. 注意时效问题

   • 诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。因此，需在知道或应当知道权利受到损害之日起三年内提起诉讼或仲裁，否则可能丧失胜诉权。

在维权过程中，务必保持冷静和理性，遵循法律程序，通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。