若甲方本应代扣款项但未扣除，处理方式需根据合同条款及双方协商情况来确定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同条款的审查
检查合同约定：
- 首先，应仔细审查合同中关于代扣款项的具体条款。合同中可能明确规定了代扣的条件、时间、方式以及未代扣时的处理办法。
- 如果合同中有明确规定，那么双方应严格按照合同条款执行。例如，合同可能规定甲方未按时代扣时，应承担一定的违约责任或补扣义务。
合同解释与补充：
- 如果合同条款存在模糊或不明确之处，双方可以协商进行解释或补充。在协商过程中，应充分考虑双方的利益平衡和合同目的的实现。
- 若协商无果，可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同解释的规定，由法院或仲裁机构对合同条款进行解释。
二、双方协商与补救措施
及时沟通：
- 发现甲方未代扣款项后，乙方应及时与甲方进行沟通，了解未代扣的原因，并协商解决方案。
- 沟通时，双方应保持冷静和理性，避免情绪化争执，以寻求最佳解决方案。
补救措施：
- 根据沟通结果，双方可以协商采取补救措施。例如，甲方可以立即补扣款项，或者双方可以约定在未来的某个时间点进行补扣。
- 如果补扣不可行或双方无法达成一致，可以考虑其他补偿方式，如调整合同价格、提供额外服务等。
三、法律后果与责任承担
违约责任：
- 如果甲方未按照合同约定代扣款项，且无法通过协商解决，那么甲方可能构成违约。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
诉讼或仲裁：
- 如果双方无法通过协商解决争议，且合同中约定了仲裁条款或诉讼管辖条款，那么任何一方都可以依据合同约定向仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
- 在诉讼或仲裁过程中，双方应提供充分的证据来支持自己的主张，并接受法院或仲裁机构的裁决。
四、预防措施与建议
完善合同条款：
- 在签订合同时，双方应充分考虑各种可能的情况，并在合同中明确规定代扣款项的具体条款和未代扣时的处理办法。
- 合同条款应具体、明确、可操作，以避免未来出现争议。
加强沟通与监督：
- 在合同履行过程中，双方应保持密切的沟通与监督，确保合同条款得到严格执行。
- 如果发现任何问题或潜在风险，应及时采取措施进行防范和化解。
针对您的情况，我建议您首先与甲方进行沟通，了解未代扣的具体原因，并协商解决方案。如果无法达成一致，您可以考虑依据合同条款和法律规定来维护自己的权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。