在公司干了三年自己辞职后再上班三年后被辞退，公司应按照三年的工作年限来支付经济补偿。以下是详细的分析：

一、经济补偿的计算依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

二、针对您情况的具体分析

1. 工作年限的认定：

   • 您在公司第一次工作了三年后辞职，之后再次入职并工作了三年。根据法律规定，经济补偿的计算是基于您在当前单位的工作年限，而非累计工作年限（除非有特别约定或地区性规定，但一般情况下遵循上述原则）。因此，在您再次被辞退时，公司应按照您后三年工作年限来支付经济补偿。

2. 经济补偿的计算：

   • 假设您在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为N元，那么公司应支付的经济补偿为3N元（即三个月工资）。

三、特殊情况说明

• 违法辞退：如果公司无正当理由辞退您，属于违法解除劳动合同，您有权要求公司按经济补偿标准的二倍支付赔偿金，即6N元。
• 合法辞退：如果公司因您存在严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等《劳动合同法》规定的过错而辞退您，则公司无需支付经济补偿。

四、建议与行动

1. 收集证据：为了维护自己的合法权益，建议您收集好劳动合同、工资条、工作证等能证明劳动关系及工作年限的证据。
2. 与公司协商：首先尝试与公司协商赔偿事宜，看是否能够达成一致。
3. 申请劳动仲裁：如果协商不成，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付相应的经济补偿或赔偿金。

最后需要强调的是，每个案件的具体情况都有所不同，上述分析仅基于您提供的信息和一般法律规定。如果您在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。