当行政处罚案卷中的证据不足时，办案人员应当采取以下步骤来妥善处理这一问题：

首先，必须明确法律原则。根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在作出行政处罚决定前，必须查明事实，确保违法事实清晰、证据充分。如果违法事实不清或证据不足，行政机关是不得给予行政处罚的。这是法律对行政机关行使处罚权的基本要求，也是保障公民、法人或其他组织合法权益的重要原则。

其次，对现有证据进行复核。办案人员应当仔细审查案卷中的所有证据，包括物证、书证、证人证言、当事人陈述、鉴定意见等，确保每一份证据都真实、合法、有效。如果发现证据存在瑕疵或不足，应当及时进行补充调查或收集新的证据。

接着，与当事人进行沟通。在复核证据的过程中，办案人员可以与当事人进行沟通，了解其对违法事实的看法和证据的提供情况。当事人有权进行陈述和申辩，办案人员应当充分听取其意见，并对当事人提出的事实、理由和证据进行复核。如果当事人提出的事实、理由或证据成立，办案人员应当予以采纳，并据此调整或撤销原有的行政处罚决定。

然后，根据复核结果作出处理。如果经过复核，发现确实存在证据不足的情况，办案人员应当向上级主管部门或其他相关管理机构报告，并建议撤销先前的行政处罚决定。同时，如果因为错误的行政处罚决定给当事人造成了损失，行政机关还应当依法给予行政赔偿或全额归还所缴纳的罚款。

最后，完善后续工作。在撤销行政处罚决定后，办案人员应当总结经验教训，完善后续的调查取证工作，确保在未来的行政处罚案件中能够充分、准确地查明事实，收集到足够的证据，以维护法律的公正和权威。

综上所述，当行政处罚案卷中的证据不足时，办案人员应当遵循法律原则，复核现有证据，与当事人进行沟通，并根据复核结果作出相应的处理。这是保障行政处罚合法性和公正性的重要环节。