征收自建房只有协议的情况下，一般不能直接办理公证遗嘱，但满足一定条件时，协议可作为财产权属证明辅助办理。以下从不同角度为你详细分析：
协议性质与公证遗嘱要求
公证遗嘱要求立遗嘱人必须对所处分的财产拥有合法的所有权或处分权。对于征收自建房而言，如果仅有协议，而该协议并未明确房屋的所有权归属，或者协议本身存在争议、未经过法律程序确认其效力，那么这份协议可能无法直接作为办理公证遗嘱的有效依据。因为公证机构在办理遗嘱公证时，需要确认立遗嘱人对所处分的财产拥有无可争议的所有权或处分权。
协议作为财产权属证明的情况
协议明确且无争议：
- 如果征收自建房的协议明确、具体，且双方（或多方）对协议内容无争议，同时该协议能够清晰地证明房屋的所有权归属，那么在实际操作中，这份协议有可能被公证机构接受作为财产权属的证明之一。但需要注意的是，即使协议明确，公证机构也可能要求提供其他辅助材料，如房屋建造的相关审批文件、土地使用权证明等，以全面确认房屋的所有权情况。
协议需配合其他材料：
- 在大多数情况下，仅有协议是不够的。为了办理公证遗嘱，你可能还需要提供房屋的其他权属证明，如房产证（如果已办理）、土地使用权证、建造审批文件等。这些材料与协议一起，才能更全面地证明你对房屋的所有权或处分权。
实际操作建议
咨询当地公证机构：
- 由于不同地区的公证机构在办理遗嘱公证时可能有不同的具体要求和流程，因此建议你首先咨询当地的公证机构，了解他们对于征收自建房办理公证遗嘱的具体要求和所需材料。
完善协议并补充材料：
- 如果协议存在不明确或争议的地方，建议你先与相关方协商完善协议内容，并尽可能补充其他权属证明材料。这样不仅可以提高办理公证遗嘱的成功率，也可以避免未来可能出现的法律纠纷。
考虑其他遗嘱形式：
- 如果由于各种原因无法办理公证遗嘱，你还可以考虑其他形式的遗嘱，如自书遗嘱、代书遗嘱等。但需要注意的是，不同形式的遗嘱在法律效力、证明要求等方面可能存在差异，因此建议你根据具体情况选择合适的遗嘱形式。
可能的法律后果
- 遗嘱无效风险：如果仅凭一份存在争议或不明确协议办理公证遗嘱，可能会导致遗嘱被认定为无效。这将影响你遗产的分配意愿，甚至可能引发家庭纠纷。
- 法律程序成本：如果因为协议问题导致无法直接办理公证遗嘱，你可能需要花费更多的时间和精力去完善协议、补充材料或选择其他遗嘱形式。这可能会增加你的法律程序成本。
总结与建议：征收自建房只有协议的情况下，一般不能直接办理公证遗嘱。但如果你能确保协议明确、无争议，并配合提供其他权属证明材料，那么有可能成功办理。为了确保遗嘱的法律效力和避免未来可能出现的法律纠纷，建议你先咨询当地公证机构的具体要求，并尽可能完善协议和补充材料。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。