合同与发票可以一起备案，但需分情况讨论，具体取决于备案目的和主管机关要求。以下从不同备案场景展开分析：

1. 税务备案场景

若备案目的是为税务合规（如增值税发票抵扣、企业所得税税前扣除），合同与发票通常需关联备案，但无需同时提交。根据《税收征收管理法》及税务机关实务要求：

• 发票作为交易凭证，需单独通过税务系统申报（如增值税发票认证）；
  
• 合同作为交易背景文件，可能需在税务稽查或特定业务（如跨境服务）时提供，但非日常备案必需。
  例外：部分地区税务机关要求大额交易（如超500万元）需同时提交合同复印件与发票，以核实业务真实性。

2. 工商/行政备案场景

若备案目的是为工商登记、行政许可或政府项目申报（如招投标、补贴申请），合同与发票可能需一并提交。例如：

• 企业设立时，部分地区工商部门要求提交租赁合同及租金发票，以证明经营场所合法性；
  
• 申请政府补贴时，合同作为项目依据，发票作为执行凭证，需同步备案。
  关键点：需以主管机关发布的备案清单为准，通常会在官方文件或系统中明确要求。

3. 司法/仲裁备案场景

若备案目的是为诉讼或仲裁准备证据（如诉前保全、证据固定），合同与发票应一并提交。根据《民事诉讼法》及仲裁规则：

• 合同证明权利义务关系，发票证明交易实际发生，二者构成完整证据链；
  
• 法院或仲裁机构可能要求提交原件或经核实的复印件，并纳入案卷备案。

实务建议

1. 提前确认要求：向备案机关（税务、工商、法院等）确认具体材料清单，避免遗漏；
   
2. 保持一致性：合同与发票的交易主体、金额、时间等核心信息需一致，否则可能影响备案效力；
   
3. 留存备份：备案后妥善保管原件及送达回执，以备后续核查。
   

如有进一步疑问（如具体地区备案流程、材料格式要求），可直接向我提问。