结论：仅持有合同但无正式发票，不能直接认定已完成备案，需结合具体备案类型及法律规定综合判断。以下分情况说明：

1. 合同备案的常规要求

若备案对象为合同本身（如建设工程合同、技术合同等），通常需提交合同原件或复印件，并可能要求补充其他材料（如双方资质证明、审批文件等）。发票并非合同备案的必备材料，但需确认当地备案机关的具体要求（部分地区可能要求提供付款凭证或发票作为辅助材料）。
建议：查阅备案机关发布的《备案指南》或直接咨询窗口，明确材料清单。

2. 发票与税务备案的关联

若备案涉及税务事项（如增值税发票备案、跨境服务税务备案），则发票是核心材料。根据《税收征收管理法》及实施细则，纳税人需按规定保管发票并办理相关备案手续。无正式发票可能导致税务备案不成立，甚至引发税务风险（如无法抵扣进项税、被认定为虚开发票等）。
建议：若涉及税务备案，需尽快补开发票或向税务机关说明情况，避免处罚。

3. 特殊场景的备案要求

• 政府采购/招投标：部分项目要求合同与发票同时备案，以证明资金流向合规。
  
• 外资企业备案：根据《外商投资法》，外资企业需提交合同、章程及资金到位证明（可能包括发票或银行入账凭证）。
  
• 海关备案：进出口合同需配合报关单、发票等单据完成备案。
  

关键点：备案是否完成需以行政机关的最终确认为准，材料缺失可能导致“形式审查不通过”。

4. 法律风险提示

• 合同效力：无发票不影响合同本身的效力（除非合同明确约定发票为生效条件），但可能影响付款义务的履行（如买方以未收到发票为由拒付货款）。
  
• 行政责任：未按规定备案可能面临罚款、限制业务等行政处罚。
  
• 刑事风险：若为逃避税务监管而伪造发票或虚假备案，可能涉嫌逃税罪或伪造发票罪。
  

行动建议：

1. 立即整理现有材料（合同、付款记录、沟通记录等），向备案机关提交并说明情况；
   
2. 若发票缺失，尽快与对方协商补开，或通过法律途径（如诉讼）确认债权；
   
3. 定期跟进备案进度，保留书面确认文件。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对方案。