针对您提出的“起诉侵权超过三年怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及法律时效和赔偿计算的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、诉讼时效的基本规定
首先，我们需要明确的是，根据我国相关法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在商标侵权等知识产权案件中，这一规定同样适用。
二、超过三年起诉的赔偿计算
侵权行为持续的情况：
- 如果侵权行为在起诉时仍在持续，那么即使侵权行为已经超过了三年，权利人仍然有权在侵权终了之日起三年内提起诉讼。
- 在这种情况下，损害赔偿数额通常自权利人向法院起诉之日起向前推算三年计算。也就是说，对于起诉之日前超过三年的损害赔偿请求，法院一般不会支持，但三年以内的部分，若能证明存在侵权及损失，法院会依法判定赔偿。
侵权行为未持续的情况：
- 如果侵权行为在起诉前已经终止，并且超过了三年的诉讼时效期间，那么权利人提起诉讼时可能会面临诉讼时效抗辩的风险。
- 在这种情况下，如果被告提出诉讼时效抗辩，并且经法院审查属实，那么超过诉讼时效的部分赔偿诉求将不受法律强制力保护。
三、赔偿金额的确定因素
在衡量具体损害赔偿额度时，法院会综合考虑多个因素，包括但不限于：
- 侵权方通过侵犯知识产权获得的不当收益；
- 受害方因此遭受的实际经济损失；
- 侵权行为的严重程度、持续时间长短、影响范围、恶劣程度以及造成的不良后果；
- 相关证据材料的充分性和可信度。
四、特殊情况下的处理
- 如果权利人能够提供充分的证据证明侵权行为仍在持续进行，或者存在诉讼时效中止、中断的情形（如曾向对方主张过权利、对方同意履行义务等），那么诉讼时效可能会重新计算。
- 在某些特殊情况下，即使超过了三年的诉讼时效期间，法院也可能根据具体情况酌情确定赔偿金额，但这通常需要权利人提供非常充分的证据来支持其诉求。
五、建议与注意事项
- 如果您发现自己的知识产权受到侵害，并且已经超过了三年的诉讼时效期间，我建议您尽快咨询专业律师，评估您的案件情况和胜诉可能性。
- 在提起诉讼前，务必收集并整理好相关证据材料，以证明侵权行为的存在、持续时间和造成的损失。
- 考虑到诉讼时效可能带来的风险，您也可以考虑通过非诉讼方式（如协商、调解等）来解决纠纷。
综上所述，起诉侵权超过三年后的赔偿计算是一个复杂而细致的问题，需要综合考虑多个法律因素和实际情况。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律建议，请随时咨询。