结论前置：

1. 追缴退赔是法律规定的义务，与是否已部分赔偿无关。即使已赔偿部分金额，法院仍可能判决追缴退赔剩余部分。
2. 追缴退赔旨在全额恢复被害人损失，确保被害人权益得到充分保障。

详细解释：

在刑事案件中，特别是涉及金融诈骗的案件，追缴退赔是法律对犯罪嫌疑人或被告人的一项重要要求。这一要求的核心目的在于确保被害人的损失能够得到最大程度的恢复。针对您提出的“刑事案件诈骗90万赔了45万，为什么判决书还要追缴退赔给被害人”的问题，我们可以从以下几个方面进行深入分析：

一、追缴退赔的法律基础

根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。这一规定明确了追缴退赔的法律基础，即犯罪分子有义务将其违法所得的全部财物返还给被害人，以恢复被害人的经济损失。

二、追缴退赔与部分赔偿的关系

1. 部分赔偿不等于全额赔偿： 在您提到的案例中，虽然犯罪嫌疑人或被告人已经赔偿了45万元，但这并不意味着其已经履行了全额赔偿的义务。因为诈骗金额为90万元，所以剩余的45万元仍然属于被害人的损失范围。

2. 追缴退赔的独立性： 追缴退赔是法律对犯罪嫌疑人或被告人的一项独立要求，它不受犯罪嫌疑人或被告人是否已经进行部分赔偿的影响。即使犯罪嫌疑人或被告人已经赔偿了部分金额，法院仍然有权根据法律规定判决其追缴退赔剩余部分。

三、追缴退赔的目的和意义

1. 全额恢复被害人损失： 追缴退赔的主要目的在于确保被害人的损失能够得到全额恢复。在金融诈骗案件中，被害人往往因为犯罪嫌疑人的欺诈行为而遭受重大经济损失。通过追缴退赔，法院可以确保被害人的经济损失得到最大程度的弥补。

2. 维护社会公平正义： 追缴退赔也是维护社会公平正义的重要手段。通过要求犯罪嫌疑人或被告人追缴退赔其违法所得，法院可以彰显法律的威严和公正，同时也可以对潜在的犯罪分子起到警示作用。

四、实际操作中的注意事项

1. 及时履行判决义务： 对于被判决追缴退赔的犯罪嫌疑人或被告人来说，应当及时履行判决义务，将剩余部分赔偿给被害人。如果未能及时履行，法院可能会采取强制执行措施。

2. 与被害人协商： 在实际操作中，犯罪嫌疑人或被告人也可以与被害人进行协商，寻求达成和解协议。通过和解协议，双方可以就赔偿金额、赔偿方式等事项进行协商并达成一致意见。这有助于减少诉讼成本和时间成本，同时也有助于维护双方的关系。

建议与后续行动：

• 如果您是犯罪嫌疑人或被告人的家属或朋友，建议您劝导其及时履行判决义务，以避免可能的法律后果。
• 如果您是被害人或其家属，建议您关注判决的执行情况，并确保自己的合法权益得到充分保障。如果发现犯罪嫌疑人或被告人未能及时履行判决义务，您可以向法院申请强制执行。

总结与展望：

追缴退赔是法律对犯罪嫌疑人或被告人的一项重要要求，它旨在确保被害人的损失能够得到全额恢复。在处理此类案件时，我们应当充分理解追缴退赔的法律基础和目的意义，并确保判决得到有效执行。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。