井下人卡分离确实算作重大隐患。这一结论主要基于以下几点分析：

首先，从政策文件的角度来看，咸阳市煤炭工业局发布的《关于切实加强井下限员管理的通知》中明确指出，近期安全检查发现一些矿井存在限员区域内部分作业人员不带定位卡、人卡分离、超限员等违规作业迹象，且这些行为已被视为对当前安全生产造成严重威胁的重大隐患。该通知还强调，对于出现此类违规作业情况的煤矿，一经查出，一律按重大事故隐患处理，并按照相关法律法规从重处罚。

其次，从实际案例的角度来看，内蒙古自治区应急管理厅公布的安全生产举报典型案例中，就包括了一起举报某煤矿井下作业人员与人员定位卡分离、超定员作业等违法行为的案例。经查证属实后，该煤矿及其主要负责人依法受到了行政处罚，这也进一步印证了井下人卡分离行为的严重性和被视为重大隐患的事实。

井下人卡分离之所以被视为重大隐患，主要是因为这种行为可能导致人员定位系统失效，使得管理人员无法准确掌握井下作业人员的数量和位置信息。在紧急情况下，如发生事故或需要紧急撤离时，这种信息的不准确可能导致救援行动受阻，甚至造成人员伤亡。因此，为了保障煤矿的安全生产，必须严格杜绝井下人卡分离等违规行为。

综上所述，井下人卡分离确实算作重大隐患，各煤矿企业应严格遵守相关规定，加强现场管理，完善人员定位监测系统建设，确保井下作业人员的安全。