以违反设施用地使用协议为由，是否可以立案，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度为您详细阐述：

一、协议性质与违约行为

1. 协议性质：

   • 设施用地使用协议，通常属于民事合同范畴，是双方就设施用地的使用、管理、权益分配等事项达成的协议。
   • 若协议内容合法、有效，且双方均具备签订协议的民事行为能力，则该协议对双方具有法律约束力。

2. 违约行为：

   • 当一方违反协议约定，如未经允许擅自改变土地用途、未按时支付使用费用、未履行维护义务等，即构成违约。
   • 违约行为是否足以导致立案，需看违约行为的性质、后果以及协议中的约定。

二、立案的法律依据与条件

1. 法律依据：

   • 立案通常涉及民事诉讼或行政诉讼，具体法律依据取决于违约行为的性质和后果。
   • 在民事诉讼中，若违约行为导致对方损失，受损方有权依据《民法典》等相关法律提起诉讼，要求违约方承担违约责任。
   • 在行政诉讼中，若违约行为涉及违反行政法规或规章，相关行政部门可能依据职权进行查处，甚至提起行政诉讼。

2. 立案条件：

   • 立案需满足一定的条件，如原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖等。
   • 对于违反设施用地使用协议的行为，若要立案，需证明违约行为的存在、违约行为的性质及后果、以及自身因违约行为所遭受的损失等。

三、是否可以立案的具体分析

1. 可以立案的情况：

   • 若违约行为严重，如擅自改变土地用途导致土地资源浪费或环境污染，且协议中明确约定了违约责任和赔偿方式，受损方有权依据协议和法律规定提起诉讼，要求违约方承担违约责任并赔偿损失。
   • 若违约行为涉及违反行政法规或规章，如未经批准擅自占用土地进行建设，相关行政部门可能依据职权进行查处，并可能提起行政诉讼。

2. 难以立案的情况：

   • 若违约行为轻微，如未按时支付少量使用费用，且协议中未明确约定违约责任和赔偿方式，受损方可能难以通过诉讼途径解决争议。
   • 若违约行为未造成实际损失或损失难以证明，受损方提起诉讼的难度也会增加。

四、建议与措施

1. 审查协议：

   • 在签订设施用地使用协议前，应仔细审查协议内容，确保协议合法、有效且条款明确。
   • 协议中应明确约定违约责任和赔偿方式，以便在违约行为发生时能够依法维权。

2. 收集证据：

   • 在违约行为发生后，应及时收集相关证据，如协议文本、违约行为证明、损失证明等。
   • 证据应真实、合法且与案件有关联，以便在诉讼中能够证明自己的主张。

3. 咨询律师：

   • 若对是否可以立案存在疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业律师。
   • 律师可以根据具体情况提供法律意见和诉讼策略，帮助您更好地维护自己的合法权益。

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