工程款结算纠纷问题的处理部门需根据项目性质及合同约定来确定，具体分为以下几种情况：

一、政府投资项目

1. 主导部门：住建、财政、审计等部门。
2. 法律依据：
   • 《财政部、建设部关于印发〈建设工程价款结算暂行办法〉的通知》第三条明确规定了工程价款结算的定义及住房城乡建设部、国务院有关部门的监督管理职责。
   • 《基本建设财务规则》（财政部令第81号）第二十八条要求项目建设单位严格支付工程款，并规定财政部门对政府投资项目的资金使用、工程结算进行监督管理。
   • 《中华人民共和国审计法》第二十二条赋予审计机关对政府投资项目的预算执行情况和决算进行审计监督的权力。

处理建议：若工程款结算纠纷涉及政府投资项目，可向住建、财政或审计部门投诉，这些部门有责任督促双方进行协商，也可以进行行政调解，帮助解决纠纷。

二、企业项目

1. 主导部门：企业内部审计部门或委托的工程造价咨询机构。
2. 处理流程：
   • 工程完工后，由企业内部审计部门进行工程结算的审计，或委托具有相关资质的工程造价咨询机构进行审计。
   • 审计完成后，出具审计报告，作为甲乙双方结清工程款的依据。

法律依据：企业项目结算通常遵循《中华人民共和国民法典》等相关民事法律法规，以及行业内的惯例和规范。

处理建议：若工程款结算纠纷涉及企业项目，可先通过企业内部协商解决；协商无果的，可依据合同约定向有管辖权的法院提起民事诉讼，或通过双方事先约定的仲裁机构进行仲裁。

三、特殊行业项目

对于特定行业的工程建设项目，如房屋建筑、市政基础设施、公路、水运、水利工程等，还有相应的行业主管部门负责监管。

处理建议：若工程款结算纠纷涉及特殊行业项目，可向对应的行业主管部门投诉或寻求帮助。例如，涉及建筑工程的，可向住房和城乡建设部门投诉，该部门对建筑工程的计价、工程价款结算等作出了具体规定。

四、涉及农民工工资的纠纷

若工程款结算纠纷与农民工工资相关，可向劳动监察部门举报。

法律依据：劳动监察部门有权依法责令用人单位支付工资，并加付赔偿金，以保障农民工的合法权益。

处理建议：遇到此类纠纷时，应及时向劳动监察部门举报，并提供相关证据，以便劳动监察部门依法处理。

五、通用处理建议

1. 保留证据：在处理工程款结算纠纷的过程中，一定要妥善保留好相关证据，如合同、结算文件、付款凭证等。这些证据是维护自身合法权益的关键。
2. 法律途径：若通过协商、投诉等方式无法解决纠纷，可及时向有管辖权的法院提起民事诉讼，或通过双方事先约定的仲裁机构进行仲裁。

总结：工程款结算纠纷问题的处理部门因项目性质和具体情况而异。在实际操作中，应首先明确项目性质，然后依据相关法律法规和行业规范确定主导部门，并确保结算过程符合法律法规要求。如有疑问或争议，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。