当员工因不能胜任工作，且在不满三个月的情况下被辞退时，用人单位需要按照相关法律法规给予相应的赔偿。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十条的规定，如果劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位后，仍不能胜任工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。同时，根据该法第四十六条，用人单位依照此规定解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。
二、赔偿标准
经济补偿金：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 对于不满六个月的工作时间，用人单位应向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
代通知金（如适用）：
- 如果用人单位选择额外支付劳动者一个月工资以替代提前三十日书面通知，那么需要支付代通知金。
- 代通知金的金额通常为劳动者上一个月的工资标准。
三、特殊情况说明
- 如果员工在三个月内被辞退，且用人单位未对其进行培训或调岗就直接以不胜任工作为由解除劳动合同，这可能构成违法解除。在这种情况下，用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
四、赔偿流程与注意事项
协商沟通：
- 在被辞退前，用人单位应与员工进行充分沟通，明确不能胜任岗位的具体原因，并尝试提供培训或调岗机会。
- 员工应积极配合用人单位的安排，努力提升自身能力以适应岗位要求。
签订协议：
- 双方就赔偿事宜达成一致后，应签订书面的解除劳动合同协议书，明确赔偿金额、支付方式及时间等条款。
- 协议书应具有法律效力，双方应妥善保管。
办理离职手续：
- 员工应按照用人单位的要求办理离职手续，包括交接工作、归还公司财物等。
- 用人单位应在员工办理完离职手续后，及时支付赔偿金额。
保留证据：
- 员工应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据材料。
- 如发生争议，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。
综上所述，当员工因不能胜任工作且在不满三个月的情况下被辞退时，用人单位应依法支付经济补偿金，并可能根据具体情况支付代通知金。如果用人单位未遵循法定程序，员工有权维护自己的合法权益。