可以按非法占地进行查处。针对您提出的“有合法手续用地被他人占用的能否按非法占地查处”的问题，以下从不同角度进行详细分析：

一、法律定义与依据

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非法占地通常指的是未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的行为。若您的用地已经取得了合法手续，而他人未经您的许可擅自占用，这明显违反了土地使用的合法性和专属性原则，因此，从法律定义上讲，这种行为可以构成非法占地。

二、查处程序与途径

1. 行政查处：

   • 您可以向当地土地管理部门报告，要求其对非法占地行为进行调查和处理。
   • 土地管理部门在接到报告后，会依法进行调查，并根据调查结果作出相应的行政处罚决定，如责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等。

2. 法律诉讼：

   • 如果行政查处未能有效解决问题，或者您希望更直接地维护自己的权益，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求非法占地者停止侵害、排除妨碍、返还土地等。
   • 在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明自己对土地拥有合法使用权，以及他人非法占地的行为。

三、可能面临的法律后果

对于非法占地者，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，可能会面临以下法律后果：

• 行政处罚：如罚款、没收违法所得等。
• 刑事责任：在严重情况下，如非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，可能会构成非法占用农用地罪，依法追究刑事责任。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：在发现他人非法占地后，您应及时收集并保留相关证据，如土地使用权证、现场照片、视频等，以便在后续的行政查处或法律诉讼中使用。
2. 及时行动：一旦发现非法占地行为，您应尽快向相关部门报告或提起诉讼，以免因时间拖延而导致证据灭失或情况恶化。
3. 咨询专业律师：虽然我在此提供了基本的法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在处理此类问题时，建议您咨询专业律师以获取更具体、更个性化的法律帮助。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供专业的法律支持。

综上所述，有合法手续用地被他人占用的，完全可以按非法占地进行查处。您可以通过行政查处或法律诉讼等途径来维护自己的合法权益。