在建设工程案件中，若司法鉴定意见给出两种结论，其能否作为定案依据需分情况讨论：

1. 两种结论均基于合理依据且无显著矛盾：

   • 若司法鉴定机构在鉴定过程中，依据了充分、合理的证据材料，并采用了科学、专业的鉴定方法，得出了两种虽不同但均具有合理性的结论，且这两种结论之间不存在根本性矛盾，那么这两种结论均有可能被法院采纳作为定案的参考依据。但法院在最终定案时，会综合考虑案件的其他证据、事实情况以及法律适用，对两种结论进行权衡和选择。

2. 两种结论存在显著矛盾或一方明显缺乏依据：

   • 若两种结论之间存在显著矛盾，或者其中一方结论明显缺乏事实依据、鉴定方法不科学或不专业，那么法院在定案时，会倾向于排除缺乏依据或存在明显错误的结论，而采纳更具合理性、科学性和专业性的结论作为定案依据。
   • 在此情况下，若一方当事人对鉴定结论提出异议，并提供了充分的反驳证据或理由，法院可能会要求鉴定机构进行补充鉴定或重新鉴定，以确保鉴定结论的准确性和公正性。

3. 法院对鉴定结论的审查与认定：

   • 无论司法鉴定意见给出一种还是两种结论，法院在定案时都会对其进行严格的审查与认定。法院会审查鉴定机构的资质、鉴定人员的资格、鉴定程序的合法性以及鉴定结论的科学性和合理性等方面。
   • 若法院认为鉴定结论存在瑕疵或疑问，可能会要求鉴定机构进行解释或补充说明，甚至可能要求重新鉴定。只有在法院确认鉴定结论具有合法性、科学性和公正性的情况下，才会将其作为定案的依据。

法律建议：

• 对于当事人而言，在建设工程案件中，若遇到司法鉴定意见给出两种结论的情况，应积极收集相关证据，对鉴定结论进行质证和反驳，以维护自己的合法权益。
• 同时，当事人也可以考虑委托专业的律师或鉴定专家对鉴定结论进行审查和评估，以提供更专业的意见和建议。

可能法律后果：

• 若法院最终采纳了不合理的鉴定结论作为定案依据，可能会导致案件处理结果的不公正，损害当事人的合法权益。
• 因此，当事人在面对司法鉴定意见时，应充分行使自己的质证权利，确保鉴定结论的准确性和公正性。

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