通行费应由车主来赔偿。下面是对此结论的详细分析：
一. 法律责任归属分析
车主的责任：
- 车主作为车辆的所有人，对车辆的使用和管理负有最终责任。
- 车主明知假冒绿通（即绿色通道，通常用于运输鲜活农产品等享受高速通行费减免的车辆），却仍然选择使用，属于故意行为。
- 根据相关法律法规，如《中华人民共和国收费公路管理条例》等，车主应为其故意行为导致的损失承担责任。
主驾和副驾的责任：
- 主驾和副驾作为车辆的驾驶人员，虽然直接参与了车辆的驾驶过程，但他们对车辆是否假冒绿通并不知情。
- 在没有故意或重大过失的情况下，主驾和副驾不应为车主的故意行为承担责任。
二. 赔偿义务主体确定
- 基于上述分析，车主因其故意行为导致通行费损失，应承担赔偿责任。
- 主驾和副驾因不知情且无过错，不应承担赔偿责任。
三. 实际案例参考
- 在类似案例中，法院通常判决由明知并故意实施违法行为的主体承担责任，而不知情且无过错的参与者则不承担责任。
综上所述，通行费应由车主来赔偿。这是基于车主的故意行为、主驾和副驾的无知情及无过错原则，以及相关法律法规和案例的综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。