结论：业主不按合同约定扣预付款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若合同条款明确约定了预付款的扣除条件、比例及程序，且业主无正当理由拒绝履行
   根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。此时，业主的行为构成违约，守约方有权要求业主按合同约定履行义务，或通过诉讼/仲裁主张违约责任（如返还预付款、支付违约金等）。

2. 若合同条款存在歧义，或业主能证明扣除行为符合法定或约定解除条件
   例如，若合同约定“业主在承包方违约时有权扣除预付款”，而承包方确实存在根本性违约（如未按期完工、质量不达标），则业主扣除预付款可能被认定为合法。但需注意，业主需承担举证责任，证明其扣除行为符合合同或法律规定。

3. 若合同未明确约定预付款扣除规则，但业主扣除行为符合公平原则或行业惯例
   此时需结合《民法典》第六条（公平原则）、第七条（诚信原则）综合判断。若业主扣除预付款的比例合理（如与承包方违约程度相当），且未损害守约方合法权益，可能被认定为合法；但若扣除比例过高或无合理依据，则可能被认定为显失公平，守约方有权主张调整或返还。

建议：

• 若您是守约方，可先通过书面函件要求业主履行合同义务，并保留送达证据；若协商无果，可依据合同仲裁条款或向法院起诉。
  
• 若您是业主方，需确保扣除行为有合同或法律依据，并留存相关证据（如违约证明、通知记录等），避免被认定为违约。
  

如有具体合同条款或案件细节，可进一步向我说明，我将为您详细分析。