贷款还完后，他项权证最终应归还给房屋所有权人（即借款人或产权人），而结清证明一般由银行出具给借款人作为贷款已结清的凭证。以下是详细解答：
一、他项权证的处理流程
申请注销抵押登记：
- 借款人还清贷款后，需向抵押权人（如银行）提出书面申请，要求注销抵押登记并返还他项权证。
- 提交的材料通常包括：贷款结清证明、身份证明、房产证原件等。
抵押权人配合办理手续：
- 银行或金融机构核实贷款已结清后，会出具《贷款结清证明》及《抵押权注销申请表》。
- 部分地区需抵押权人与借款人共同前往不动产登记中心办理解除抵押手续。
领取他项权证并注销抵押登记：
- 他项权证原件由抵押权人交还借款人，或由双方共同提交至不动产登记机构。
- 不动产登记部门审核通过后，在房产证上加盖“解除抵押”章，完成注销登记。此时，他项权证作为权利证明文件，在注销后便不再具有实际效力，但通常作为已注销抵押的历史凭证交还借款人。
二、结清证明的作用与归属
- 结清证明的作用：结清证明是银行或金融机构出具的，证明借款人已还清贷款的文件。它是借款人办理解除抵押手续、领取他项权证以及后续房产交易或二次融资的重要凭证。
- 结清证明的归属：结清证明一般由银行出具给借款人，借款人应妥善保管该证明，以备后续需要。
三、关键注意事项
及时办理避免风险：
- 若未及时注销抵押登记，可能影响房产交易或二次融资。因此，借款人应在还清贷款后尽快办理相关手续。
材料保管与备份：
- 建议借款人提前复印他项权证及相关文件，留存结清证明备查。以防原件丢失或损坏，影响后续手续的办理。
政策差异提示：
- 部分地区允许线上办理或委托他人代办解押手续，具体需咨询当地不动产登记处。借款人应了解并遵守当地的相关规定和操作流程。
四、法律依据
- 根据《城市房屋权属登记管理办法》的相关规定，因他项权利终止等情形，权利人应当自事实发生之日起30日内申请注销登记。申请时，应提交原房屋权属证书、他项权利证书及相关合同、协议、证明等文件。这为他项权证的注销提供了法律依据。
在处理贷款还完后他项权证和结清证明的问题时，借款人应严格按照相关流程和规定办理手续，确保自身权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。