结论前置：店铺转让后，已签订的协议是否有效需分情况讨论，具体如下：

1. 协议内容合法且双方意思表示真实
   若转让协议符合《民法典》第143条规定的民事法律行为有效要件（行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律/行政法规强制性规定及公序良俗），则协议自成立时生效，店铺转让不影响协议效力。例如，双方明确约定转让标的（如店铺资产、经营权）、价款支付方式、违约责任等核心条款，且无欺诈、胁迫等情形，协议持续有效。

2. 协议存在法定无效情形
   若协议存在《民法典》第153-154条规定的无效情形（如违反法律强制性规定、恶意串通损害他人权益等），则自始无效。例如：

   • 转让协议未办理工商变更登记，且涉及需经审批的特殊行业（如餐饮、教育），未履行审批手续可能导致协议部分无效；
     
   • 转让方隐瞒店铺存在重大债务或法律纠纷，导致受让方利益受损，可能构成欺诈，受让方可主张撤销协议。

3. 协议效力待定或可撤销

   • 效力待定：若一方为限制民事行为能力人（如未成年人）签订协议，需经法定代理人追认后生效；
     
   • 可撤销：若一方以欺诈、胁迫手段或显失公平（如转让价款远低于市场价）使对方签订协议，受损害方可在法定期限内（1年）请求法院撤销。

实务建议：

• 签订转让协议前，务必核查店铺产权（如房产证、租赁合同）、经营资质（如营业执照、行业许可证）及债务情况，并在协议中明确约定违约责任；
  
• 协议签订后，及时办理工商变更登记、税务登记等手续，确保权属转移合法有效；
  
• 若发生纠纷，可依据协议条款主张权利，或通过诉讼/仲裁解决。
  

如有具体协议条款或纠纷细节需分析，可直接向我咨询。