在原告向法庭申请对借条中被告的签名是否是本人亲签提出鉴定的情况下，鉴定机构的选定通常需要经过双方当事人的同意或由法院指定。以下是对此问题的详细分析：

一、鉴定申请的责任方

在民间借贷纠纷中，当原告提供借条作为证据，而被告否认借条上的签名为其本人所签时，借条的真实性就成为了案件的关键。根据“谁主张谁举证”的原则，原告对其提供的证据（借条）的真实性负有举证责任。因此，在大多数情况下，应由原告申请对借条上的签名进行鉴定。这一原则在司法实践中得到了广泛认可，例如《重庆市高级人民法院关于审理民间借贷纠纷案件若干问题的指导意见》第7条就明确规定了这一点。

二、鉴定机构的选定

1. 双方同意：在原告提出鉴定申请后，鉴定机构的选定通常需要经过双方当事人的同意。双方可以协商选择一家具有资质和信誉的鉴定机构进行鉴定。这种方式有助于确保鉴定的公正性和客观性，减少后续可能出现的争议。

2. 法院指定：如果双方当事人无法就鉴定机构达成一致意见，或者一方当事人拒绝参与鉴定机构的选定，那么法院有权指定一家鉴定机构进行鉴定。法院在指定鉴定机构时，会考虑鉴定机构的资质、信誉、专业能力等因素，以确保鉴定的准确性和可靠性。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：如果原告未按照法院的要求申请鉴定，或者鉴定结果显示借条上的签名并非被告本人所签，那么原告可能需要承担举证不能的法律后果，即其诉讼请求可能得不到法院的支持。

2. 建议：

   • 对于原告而言，在提供借条作为证据时，应确保借条的真实性和合法性。如果被告对借条上的签名提出异议，原告应及时申请鉴定，以证明借条的真实性。
   • 对于被告而言，如果认为借条上的签名并非其本人所签，应积极配合鉴定工作，提供必要的比对样本。同时，被告也可以考虑提出反证，以证明借条的虚假性。
   • 在整个鉴定过程中，双方当事人应保持沟通与合作，共同推动案件的公正解决。