当药店被查出存在偷税漏税行为时，会面临一系列的法律后果和行政处理措施。以下是对此问题的详细解答：
一、法律后果
刑事处罚：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，偷税漏税行为可能构成犯罪，如虚开增值税专用发票罪、逃税罪等。
- 一旦构成犯罪，药店及其相关责任人员（如法定代表人、财务负责人等）可能会面临有期徒刑、罚金等刑事处罚。例如，在四川省绵阳市的案例中，四川云亳堂药业有限公司因虚开增值税专用发票被判处罚金，相关犯罪分子也被判处有期徒刑和罚金。
行政处罚：
- 税务部门会根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规，对药店进行行政处罚，包括追缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 处罚的力度会根据偷税漏税的金额、情节严重程度等因素进行综合考量。例如，在上海悟瀚进出口有限公司的案例中，税务部门对其作出了追缴税费款、加收滞纳金并处罚款共计8262.46万元的处理处罚决定。
二、行政处理措施
税务稽查：
- 税务部门会对药店进行税务稽查，核实其是否存在偷税漏税行为。
- 稽查过程中，税务部门会要求药店提供相关的财务账簿、凭证等资料，以便进行核查。
恢复税务登记：
- 如果药店试图通过注销企业登记来逃避纳税义务和法律责任（即“逃逸式”注销），税务部门会联合市场监督管理部门、行政审批服务部门等，依法撤销其注销工商登记并恢复税务登记。
- 恢复税务登记后，税务部门会继续对其偷税漏税行为进行查处。
联合打击机制：
- 税务部门会与其他相关部门（如公安、法院、检察、人民银行、海关、市场监管、外汇管理等）建立常态化联合打击机制，对虚开发票、偷逃税款等违法犯罪行为进行零容忍打击。
- 这种联合打击机制有助于形成合力，提高查处效率，维护公平公正的税收秩序。
三、建议与措施
合规经营：
- 药店应严格遵守税收法律法规，确保所有业务交易都真实、合法，并按时足额缴纳税款。
- 建立健全的财务管理制度，确保财务账簿、凭证等资料的完整性和准确性。
积极配合调查：
- 如果药店被查出存在偷税漏税行为，应积极配合税务部门的调查工作，如实提供相关资料和情况说明。
- 避免采取隐瞒、谎报等不正当手段来逃避法律责任。
寻求专业帮助：
- 药店可以聘请专业的税务顾问或律师来协助处理偷税漏税问题，以确保自身权益得到最大程度的保护。
- 专业人士可以提供法律咨询、税务筹划等服务，帮助药店合规经营并降低法律风险。
综上所述，药店被查出偷税漏税行为后，会面临严重的法律后果和行政处理措施。因此，药店应严格遵守税收法律法规，确保合规经营，并在出现问题时积极配合调查并寻求专业帮助。