公司账户在农商银行逾期，一般情况下是会被扣逾期费用的。以下从不同角度进行详细分析：

1. 合同约定角度：

   • 公司与农商银行签订贷款合同时，合同中通常会明确约定还款期限、还款方式以及逾期还款的违约责任。
   • 如果合同中规定了逾期费用（如罚息、滞纳金等），那么公司逾期未还款时，银行有权按照合同约定扣除逾期费用。

2. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国合同法》及相关金融法规，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。
   • 农商银行作为金融机构，有权依据法律法规和合同约定，对逾期还款的公司收取逾期费用。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，农商银行通常会在贷款到期后，通过系统自动扣款或人工催收的方式提醒公司还款。
   • 如果公司逾期未还款，银行会根据合同约定和内部规定，计算并扣除逾期费用。这些费用可能包括罚息、滞纳金等，具体金额和计算方式会在合同中明确。

建议：

• 公司应仔细阅读与农商银行签订的贷款合同，了解其中关于逾期还款的违约责任和费用规定。
• 如果公司确实面临还款困难，应及时与农商银行沟通，寻求延期还款、分期还款等解决方案，以避免产生不必要的逾期费用。
• 如果公司对银行扣除的逾期费用有异议，可以依据合同约定和相关法律法规，与银行进行协商或通过法律途径解决争议。