结论前置：交通银行信用卡逾期后，通常不会直接从您的农业银行卡（或其他非交通银行储蓄卡）中扣款，但存在特定情况下可能扣款的例外情形。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的处理原则
独立账户体系：
- 信用卡和储蓄卡（无论是交通银行还是农业银行）在银行系统中属于不同的账户类型。银行需遵循支付结算规则，未经持卡人明确授权，不得跨账户划转资金。因此，在正常情况下，交通银行信用卡逾期不会直接导致农业银行储蓄卡中的资金被扣除。
法律合规要求：
- 根据《商业银行法》等相关法律法规，银行无权擅自扣划客户在其他银行的账户资金。若发生非授权扣款行为，将构成对客户财产权的侵害，持卡人有权向银行提出异议并寻求法律救济。
二、可能触发扣款的特殊情形
绑定自动还款协议（但仅限于同行卡）：
- 若您曾与交通银行签署自动还款协议，并授权银行在信用卡逾期时从交通银行储蓄卡中扣款，则银行可依据协议执行划扣。但此协议仅适用于同行卡，不会涉及农业银行等其他银行的储蓄卡。
司法强制执行程序：
- 当信用卡逾期案件进入执行阶段后，法院有权冻结被执行人名下所有银行账户（包括农业银行储蓄卡），并依法划拨资金用于清偿债务。此过程需严格遵循法定程序，如银行起诉、法院判决、申请强制执行等。
银行追偿措施升级（需司法支持）：
- 长期逾期且催收无果时，交通银行可能采取法律手段追讨欠款。但银行自行扣划农业银行储蓄卡资金的行为仍需以法院判决或执行通知书为依据，不可擅自操作。
三、您的具体情况与建议
核实是否签署自动还款协议：
- 请检查您与交通银行签署的所有协议，确认是否授权银行在逾期时从其他银行储蓄卡中扣款。根据常规操作，此类授权通常仅限于同行卡，但为避免遗漏，建议您仔细核查。
关注司法程序进展：
- 若您已收到交通银行的起诉通知或法院传票，请务必重视并积极应对。在司法程序中，您的农业银行储蓄卡资金可能面临被冻结或划拨的风险。
主动沟通与协商：
- 无论是否面临司法程序，建议您主动与交通银行沟通，说明逾期原因并协商还款方案。通过协商达成延期还款、分期还款等协议，可有效避免法律纠纷和资金损失。
维护良好信用记录：
- 信用卡逾期会对个人信用记录造成严重影响。为避免未来贷款、信用卡申请等受限，请您务必按时偿还欠款，维护良好的信用状况。
最后提醒：若您对交通银行信用卡逾期后的扣款问题仍有疑问或担忧，可直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。