关于您提出的“代理费不足5000按5000收取是否有文件规定”的问题，我需要从几个方面来为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，代理费的收取标准并非一成不变，而是会根据不同的代理服务类型、项目性质以及地区差异等因素有所调整。因此，不能简单地给出一个“不足5000按5000收取”的普遍性规定。

接下来，我查阅了相关的政策文件。其中，国家发改委发布的《关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》（发改价格〔2015〕299号）主要涉及的是建设项目专业服务价格的放开，并未直接规定代理费的具体收取标准。这意味着，对于建设项目类的代理服务，其费用可能更多地由市场供需关系来决定。

另外，司法部、国家发展和改革委员会、国家市场监督管理总局联合印发的《关于进一步规范律师服务收费的意见》（司发通〔2021〕87号）则对律师服务收费进行了更为详细的规范。该文件主要强调了严格限制风险代理的适用范围、规范风险代理约定事项、限制风险代理收费金额等，但同样没有直接规定“代理费不足5000按5000收取”的情况。

在实际操作中，代理费的收取往往遵循着市场规律、行业惯例以及双方协商的原则。不同的代理机构或律师可能会根据自己的成本、风险、专业能力等因素来制定不同的收费标准。因此，如果您遇到了“代理费不足5000按5000收取”的情况，这很可能是某个特定代理机构或律师根据自己的情况制定的收费标准，而非普遍性的政策规定。

最后，我建议您在遇到此类问题时，可以与代理机构或律师进行充分的沟通，了解其收费标准的制定依据和合理性。同时，您也可以咨询相关的行业协会或监管部门，以获取更为准确和权威的信息。

综上所述，目前并没有一个普遍性的政策文件规定“代理费不足5000按5000收取”。代理费的收取标准更多地是由市场供需关系、行业惯例以及双方协商来决定的。