针对您提出的“公交站亭的违法广告处罚谁”的问题，这主要涉及到户外广告设施的管理与处罚责任。在深圳市，户外广告设施的管理是分层次、分部门的，具体到公交站亭的广告设施，其管理与处罚责任主要归属于交通运输部门。

首先，我们需要明确的是，市城市管理和综合执法部门是户外广告设施的主管部门，它负责对全市的户外广告设施进行统筹管理，并指导、监督区级城市管理和综合执法部门的工作。然而，当涉及到公交站亭这类特定的广告设施时，其管理与处罚责任则更加具体。

根据相关规定，交通运输部门负责公交候车亭广告设施及其施工安全的监管，以及利用公交车车身设置的广告设施的日常管理工作。这意味着，如果公交站亭上出现了违法广告，那么交通运输部门将负责对此进行查处和处罚。

具体来说，交通运输部门可能会采取以下措施：对违法广告进行拆除或要求广告主自行拆除；对广告主或相关责任人进行罚款；在严重情况下，还可能采取其他法律手段进行处罚。

因此，针对公交站亭的违法广告，处罚的责任主要归属于交通运输部门。如果您发现了公交站亭上的违法广告，可以向当地的交通运输部门进行举报，他们将会对此进行调查和处理。