结论：两姐妹因一栋房相处困难，不能直接向法院申请强制执行合并处理房产，但可通过协商、诉讼分家析产或共有物分割等途径解决。以下是具体分析：

1. 强制执行的前提与适用范围

强制执行是法院根据生效法律文书（如判决、裁定、调解书等），强制义务人履行义务的程序。其适用前提是存在明确的执行依据，且义务人未主动履行。若两姐妹仅因相处困难，无生效法律文书支持分割或合并房产，法院不会直接受理强制执行申请。

2. 共有物分割的合法途径

若两姐妹对房产为共有关系（如共同共有或按份共有），可通过以下方式解决：

• 协商分割：双方协商确定房产归属或分割方案（如一方取得房产并补偿另一方）。
• 诉讼分家析产：若协商不成，可向法院提起分家析产诉讼，请求法院判决分割共有财产。法院会根据共有性质、贡献大小、实际需要等因素，判决房产归属或折价补偿。
• 共有物分割之诉：依据《民法典》第三百零三条，共有人可随时请求分割共有物。若房产为按份共有，任何一方可主张分割；若为共同共有，需存在重大理由（如家庭关系恶化）方可请求分割。

3. 合并处理的可行性

“合并处理”通常指将多个法律关系或案件合并审理，但需满足法定条件（如诉讼标的同一、当事人相同等）。两姐妹的房产纠纷不涉及合并审理问题，而是共有物分割问题。若双方对房产权属有争议，需先通过确权诉讼明确权属，再主张分割。

4. 实务建议

• 收集证据：保留房产购买、出资、使用等相关证据，以证明各自贡献或权属比例。
• 协商优先：尝试通过家庭会议、第三方调解等方式达成和解，降低诉讼成本。
• 及时起诉：若协商无果，应尽快向法院提起共有物分割诉讼，避免财产价值变动或转移风险。

总结：两姐妹需通过协商或诉讼解决房产分割问题，而非直接申请强制执行合并处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程及证据准备要点。