合作挂靠协议的效力需根据具体情况判定，一般情况下可能因违反法律强制性规定或违背公序良俗而无效，但在特殊情况下，若不违反法律法规且未损害公共利益，则可能被认定为有效。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下可能无效的情形
违反法律强制性规定：
- 在许多领域，如建筑工程、交通运输等，挂靠行为可能违反了相关法律法规的强制性规定。例如，《中华人民共和国建筑法》明确禁止建筑施工企业允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。若挂靠协议涉及此类违法行为，则因直接违反法律而无效。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。”
违背公序良俗：
- 挂靠经营可能扰乱市场秩序，损害公共利益。如不具备运营资质的主体通过挂靠从事运输经营，可能对运输安全构成威胁，影响公共安全。这种挂靠协议同样会因违背公序良俗而被认定无效。
- 法律依据：同样根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违背公序良俗的民事法律行为也无效。
二、特殊情况下可能有效的情形
不违反法律法规且不损害公共利益：
- 在某些特定行业或领域，若挂靠经营行为并未违反法律、行政法规的强制性规定，也未损害公共利益，并且双方意思表示真实，协议内容符合合同的一般生效要件，则该挂靠经营协议有可能被认定为有效。例如，个体商户为借助行业协会品牌和市场渠道而与协会签订的挂靠协议，在遵守相关规定的前提下，可能会被视为有效。
实际履行情况良好：
- 即使挂靠协议在形式上存在某些瑕疵，但如果双方已经实际履行了协议，且履行过程中没有出现违法行为或损害公共利益的情况，法院在认定协议效力时也可能会考虑实际履行情况，从而认定协议有效。
三、协议无效的后果
财产返还与赔偿损失：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，协议无效后，双方应返还因协议取得的财产；无法返还或无需返还的，应折价补偿。有过错的一方需赔偿对方损失。
收缴非法所得：
- 若挂靠行为构成违法（如无证施工获利），法院可依法收缴非法所得。
四、建议与指导
- 签订前充分了解法律法规：在签订挂靠协议前，双方应充分了解相关法律法规和政策要求，确保协议内容合法、明确，避免涉及违法行为。
- 严格履行相关程序和要求：双方应严格履行相关程序和要求，如备案等，以降低法律风险。
- 及时咨询专业律师：面对挂靠协议效力问题，建议及时向我咨询，以获取准确的法律意见和帮助，确保协议的合法有效性和双方权益的保护。
综上所述，合作挂靠协议的效力评定是一个复杂且多维度的法律问题，需综合考虑协议主体资格、意思表示真实性、内容合法性、完整性和明确性，以及实际履行情况和法律程序要求等多个方面。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。