公司注销时撤销公司党支部，主要需遵循以下流程和注意事项：
向上级党委提交撤销请示：
- 公司党支部在决定撤销前，应向上级党委提交正式的撤销请示。请示内容需详尽，包括撤销的理由、辅佐材料（如公司解散决定、经营期限届满证明等）、文件依据（如公司章程、相关法律法规等）、支部成立的批复文件以及党员的转接计划。
- 党员转接计划应明确党员的组织关系将转至何处，确保党员能够继续参加党的组织生活。
递交材料并等待上级党委指示：
- 将上述请示材料递交至上级党委，并等待其指示。上级党委将对请示材料进行审核，并根据实际情况给出撤销或不予撤销的决定。
- 在此过程中，公司党支部应保持与上级党委的沟通，及时了解审核进度和结果。
遵照上级党委指示完成后续工作：
- 如果上级党委同意撤销，公司党支部应遵照其指示完成后续工作，包括但不限于党员组织关系的转接、党费的结算、党支部公章的缴销等。
- 同时，公司党支部还应做好相关档案的整理和归档工作，以备后续查阅。
从法律角度，还需注意以下几点：
- 合规性：整个撤销过程应严格遵守党的组织原则和程序，确保合规性。任何违反组织原则和程序的行为都可能受到党的纪律处分。
- 党员权益保护：在撤销过程中，应充分保护党员的合法权益，确保党员能够顺利转接组织关系，并继续参加党的组织生活。
- 档案保管：撤销后，公司党支部应妥善保管相关档案，以备后续查阅和审计。这些档案包括但不限于党支部成立批复、党员名册、党费收缴记录等。
若公司注销过程中遇到特殊情况：
- 如公司注销程序因故暂停或中止，公司党支部应及时向上级党委报告，并说明情况。上级党委将根据实际情况给出指导性意见。
- 如在撤销过程中发现党员存在违纪违法行为，公司党支部应按照党的纪律处分条例进行处理，并及时向上级党委报告。
最后，公司注销时撤销公司党支部是一个涉及党的组织原则和程序的重要事项。在整个过程中，公司党支部应严格遵守相关规定和程序，确保撤销工作的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。