结论：专业分包合同范围内金额已全部付清且办理了结清证明后，合同本身仍然有效，但双方在合同范围内的主要权利义务已履行完毕。
分析说明：
合同效力：
- 合同的效力并不因合同范围内的款项付清和结清证明的办理而自动终止。合同一旦成立并生效，除非存在法定或约定的解除事由，否则其效力将持续存在。
- 结清证明只是双方对合同范围内款项支付情况的一种确认，它证明了双方已按照合同约定履行了付款和收款义务，但并不意味着合同本身失效。
合同权利义务：
- 在专业分包合同中，双方的主要权利义务通常包括工程款的支付、工程质量的保证、工期的遵守等。当合同范围内的金额已全部付清且办理了结清证明时，可以认为双方在合同范围内的主要金钱给付义务已经履行完毕。
- 然而，合同可能还包含其他非金钱给付义务，如保修责任、违约责任等，这些义务并不因款项的付清和结清证明的办理而自动免除。
合同后续处理：
- 如果双方希望终止合同关系，可以在合同中约定终止条款，或者在款项付清后通过协商一致的方式解除合同。
- 如果合同中没有约定终止条款，且双方未就合同解除达成一致意见，那么合同将继续有效，双方仍需履行合同中约定的其他义务。
法律建议：
- 如果您希望明确合同是否继续有效或是否需要进一步处理，建议仔细审查合同条款，特别是关于合同终止和解除的约定。
- 如果合同中没有明确约定，且您希望终止合同关系，可以与对方协商一致并签订书面解除协议，以明确双方的权利义务关系。
- 如果在合同履行过程中遇到任何问题或争议，建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
特殊场景：
- 如果合同中明确约定了“款项付清且办理结清证明后合同自动终止”的条款，那么在该条款生效的情况下，合同将因满足终止条件而自动终止。但这种情况较为少见，需要具体审查合同条款。
- 如果在合同履行过程中存在违约行为或其他争议，且这些争议未得到妥善解决，那么即使款项已付清且办理了结清证明，合同也可能因争议的存在而无法完全终止。在这种情况下，建议双方通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。
行动建议：
- 审查合同条款，特别是关于合同终止和解除的约定。
- 如果希望终止合同关系，与对方协商一致并签订书面解除协议。
- 如在合同履行过程中遇到问题或争议，及时咨询专业律师。