在行政处罚调查过程中，若当事人变更了营业执照，需根据变更的具体情况采取相应措施，核心结论如下：

1. 若仅变更营业执照中的非关键信息（如经营范围、注册地址等），且不影响行政处罚的认定
   行政机关通常可继续推进处罚程序。根据《行政处罚法》及相关规定，行政处罚针对的是当事人的违法行为，而非营业执照本身。只要当事人主体资格未发生实质性变更（如未注销原主体、未转让全部股权导致实际控制人变化），行政机关可依据原调查证据继续处罚。
   建议：当事人应主动向行政机关提交变更后的营业执照副本及变更登记材料，说明变更情况，避免因信息不对称导致程序延误。

2. 若营业执照变更导致当事人主体资格发生实质性变更（如原公司注销、新设公司承接业务）
   此时需区分两种情形：

   • 原主体注销，新主体承接全部权利义务：若原公司通过注销登记终止，但新公司明确承接其债权债务（如通过清算报告、股东会决议等证明），行政机关可将新主体列为被处罚人，继续处罚程序。
     
   • 原主体注销且无合法承接主体：若原公司注销后无新主体承接，且违法行为与原股东个人无关，则可能因“被处罚对象不存在”导致程序终止。但若违法行为涉及原股东个人责任（如抽逃出资、虚假出资等），行政机关可追究股东个人责任。
     建议：当事人应提供完整的变更文件（如注销证明、新设公司章程、债权债务承接协议等），证明变更的合法性及责任承接情况。行政机关需审查变更是否合法，避免因程序瑕疵导致处罚被撤销。

3. 若当事人通过变更营业执照逃避行政处罚（如恶意注销原主体、新设主体继续违法行为）
   行政机关可依据《行政处罚法》第三十六条“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外”及《公司法》相关规定，追究原股东或实际控制人的责任。例如，若原公司注销前未依法清算，导致行政机关无法处罚，股东可能需承担连带责任。
   建议：行政机关应重点审查变更的合理性，如变更时间与违法行为发现时间的关联性、新主体与原主体的关联性等。当事人若存在恶意逃避处罚的情形，可能面临更严厉的处罚（如对原股东的罚款）。

总结：营业执照变更不影响行政处罚的实质性认定，但需根据变更类型调整处罚对象。当事人应积极配合行政机关调查，提供完整变更材料；行政机关需严格审查变更的合法性，避免程序错误。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。