村委会按照镇政府安排清除基本农田果树的行为是否合法，需结合具体情况判断，但未经法定程序或未取得合法授权的，通常构成违法。以下从不同角度进行分析：

一、果树所有权归属

根据《中华人民共和国森林法》的相关规定，农村居民在房前屋后、自留地、自留山种植的林木，归个人所有。因此，农民对自己种植的果树享有所有权。若村委会未经果树所有者（农民）同意，擅自清除果树，则侵犯了农民的财产权益。

二、合法授权与协商

1. 经合法授权：如果村委会获得了农民明确、合法的授权，如书面委托协议，且这种授权符合相关法律和程序要求，那么村委会的清除行为可能是合法的。但这种情况较为少见，且需严格遵循法定程序。
2. 协商一致：村委会与农民就果树清除事宜达成一致意见，例如为了村庄规划或公共利益，在给予合理补偿的前提下，农民同意清除。此情况下，行为亦可能合法。但协商过程需合法、公正，且补偿需合理。

三、法定程序与公共利益

1. 法定程序：即使出于公共利益目的，如基础设施建设或农田保护，村委会也需遵循法定程序进行决策和实施。这包括召开村民会议或村民代表会议讨论、经相关部门审批、公告并听取意见等。未经法定程序擅自清除，构成违法。
2. 公共利益与补偿：若清除行为确实出于公共利益需要，且项目经过了法定的审批程序，并按照规定对农民进行了合理补偿和安置，那么清除行为可能是合法的。但补偿需合理、及时，且需确保农民的基本生活不受影响。

四、违法行为与法律责任

1. 未经授权擅自清除：村委会在未获得农民任何授权的情况下私自清除果树，侵犯了农民的财产权益，违反了《中华人民共和国民法典》中关于保护私有财产的规定，构成侵权行为。农民有权要求赔偿损失。
2. 触犯刑法：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，盗伐或滥伐林木，数量较大的，分别构成盗伐林木罪和滥伐林木罪。若村委会未经同意擅自清除且数量达到较大标准，可能面临刑事责任。

五、实际案例与判决

从实际案例来看，如镇政府或村委会未经法定程序擅自清除农民果树，法院通常会判决其行为违法，并要求赔偿农民损失。例如，某镇政府在未出示任何书面通知、未提及补偿事宜、未听取农民意见的情况下，实施了强制清表行为，法院最终判决该行为违法，并要求镇政府赔偿农民损失。

法律建议

1. 核实授权与程序：在面临果树被清除的情况时，农民应首先核实村委会或镇政府是否获得了合法授权，并是否遵循了法定程序。
2. 要求合理补偿：若清除行为确实出于公共利益需要，农民应要求获得合理补偿，并确保补偿及时到位。
3. 依法维权：若认为自己的权益受到侵犯，农民应依法维权，包括向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。

村委会按照镇政府安排清除基本农田果树的行为是否合法，需严格依据法律法规进行判断。若侵犯了村民的财产权益或未遵循合法程序，村民有权要求赔偿或依法追究相关责任方的法律责任。在处理此类问题时，应确保尊重农民的财产权，遵循法定程序，并兼顾公共利益与个人权益的平衡。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。