当《集体经济组织法》与《农村土地管理法》存在冲突时，应遵循上位法优于下位法、特别法优于一般法、新法优于旧法的原则进行判断，具体需结合冲突条款的性质和立法目的综合分析。以下是详细说明：

1. 上位法优于下位法

若两部法律中有一部属于上位法（如全国人大制定的法律），另一部属于下位法（如国务院制定的行政法规或地方性法规），则应优先适用上位法。例如，若《农村土地管理法》的条款与全国人大制定的《集体经济组织法》冲突，需以《集体经济组织法》为准。

2. 特别法优于一般法

若两部法律属于同一效力层级（如均为全国人大制定的法律），但调整对象或范围不同，则优先适用特别法。例如：

• 《农村土地管理法》专门规范农村土地的利用、流转和保护；
  
• 《集体经济组织法》侧重于集体经济组织的设立、运行和成员权益。
  若冲突条款涉及土地管理中的特定问题（如土地征收补偿），可能优先适用《农村土地管理法》；若涉及集体经济组织内部决策程序，则优先适用《集体经济组织法》。

3. 新法优于旧法

若两部法律对同一事项的规定存在冲突，且修订时间不同，则优先适用后修订的法律。例如，若《集体经济组织法》于2023年修订，而《农村土地管理法》于2019年修订，对同一问题的新规定应优先适用。

4. 立法目的与冲突解决

若冲突无法通过上述原则直接解决，需结合立法目的分析：

• 《农村土地管理法》的核心是保障土地资源合理利用和农民权益；
  
• 《集体经济组织法》的核心是规范集体经济组织运行和成员权益保护。
  若条款冲突导致一方立法目的无法实现（如土地管理规定损害集体经济组织成员权益），可能需通过法律解释或司法裁判协调。

5. 实践中的处理方式

• 行政程序：行政机关在执行中若发现冲突，应暂停执行并报请有权机关（如国务院或全国人大常委会）解释或裁决。
  
• 司法程序：法院在审理案件时，若发现法律冲突，应按照《立法法》规定的原则选择适用法律，或提请有权机关作出解释。

建议：若您遇到具体冲突情形，可提供冲突条款的详细内容（如法条序号和内容），我将进一步结合立法背景和司法实践为您分析。