非法转卖土地案件的管辖部门需根据情节轻重来判断：
情节轻微的情况：
- 当非法转卖土地行为情节轻微，未构成犯罪时，该案件主要由土地行政管理部门（即自然资源主管部门）管辖。
- 依据《土地管理法》的相关规定，擅自将农民集体所有的土地的使用权出让、转让或者出租用于非农业建设的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
情节严重甚至涉嫌犯罪的情况：
- 若非法转卖土地行为情节严重，甚至涉嫌犯罪，则该案件应由公安机关立案侦查。
- 根据《刑法》的相关规定，以牟利为目的，非法转让、倒卖土地使用权，情节严重的，将受到刑事处罚，包括有期徒刑、拘役以及罚金等。
关于有集体土地使用权的企业转租他人土地的问题：
- 企业若拥有集体土地使用权，并打算将其转租给他人，必须确保转租行为符合相关法律法规的规定。
- 擅自转租可能构成非法转让土地使用权的行为，尤其是当转租行为用于非农业建设时，将可能面临土地行政管理部门的处罚，甚至可能涉嫌犯罪，受到公安机关的立案侦查。
建议与提醒：
- 在进行土地转租或任何与土地相关的交易时，务必确保行为合法合规，避免触犯法律。
- 若对土地转租的合法性存在疑问，或已涉及非法转卖土地的行为，建议及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。
如有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会尽我所能为你提供专业、全面的法律服务。