当您在起诉离婚过程中发现房产证在对方手里时，确实会面临一些挑战，但请放心，法律提供了相应的解决途径来保障您的权益。以下是一些详细的建议，希望能帮助您妥善处理这一问题：
一、申请调查令
首先，您可以向法院申请调查令。调查令是一种法律文书，它授权您或您的律师向房产管理部门等第三方机构查询与案件相关的信息。通过调查令，您可以要求房产管理部门提供房产的登记信息、产权归属等关键资料，这些资料对于案件的审理至关重要。
二、向法院说明情况并准备证据
如果无法获得调查令，或者调查令未能获取到所需信息，您需要在起诉离婚时向法院详细说明房产证在对方手中的情况。同时，您应提前准备好其他能够证明房产归属和您权益的证据，如购房合同、付款凭证、银行转账记录等。这些证据将有助于法院更准确地判断房产的归属和分割方式。
三、法院的判断与强制措施
在诉讼过程中，法院会依据双方的举证情况和法律规定来判断房产的归属和分割方式。如果对方拒绝提供房产证或故意隐瞒房产信息，法院有权采取相应的强制措施，如罚款、拘留等，以确保案件的公正审理。因此，您应积极配合法院的调查和审理工作，提供必要的协助和信息。
四、关于房贷的处理
如果房产涉及房贷，您还需要考虑房贷的处理方式。如果房贷属于夫妻共同债务，双方应协商决定由哪一方承担还款责任。如果无法达成一致意见，法院将根据双方的收入水平、财产状况等因素作出判决。如果房贷仅是一方的个人债务，则由借款方独自承担还款责任。无论哪种情况，离婚判决生效后，双方都应及时前往银行办理变更贷款人等相关手续。
五、维护自身权益的建议
保持冷静与理性：面对离婚诉讼中的房产问题，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策，以免损害自己的利益。
积极收集证据：除了购房合同和付款凭证外，还可以收集其他与房产相关的证据，如装修合同、物业费缴纳记录等，以证明您对房产的贡献和权益。
咨询专业律师：离婚诉讼涉及复杂的法律问题和程序，咨询专业律师可以为您提供更具体、更专业的建议和指导。
关注诉讼进程：及时了解诉讼的进展情况，与法院和律师保持沟通，确保自己的权益得到充分保障。
总之，当房产证在对方手中时，您不必过于担心。通过合法途径申请调查令、向法院说明情况并准备证据、积极配合法院的调查和审理工作，以及关注房贷的处理方式，您可以有效维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。