针对您提出的“强拆违法的行政赔偿决定赔偿少于补偿是否有效，以及是否受起诉期限限制”的问题，以下是我的详细解答：
一、强拆违法的行政赔偿决定赔偿少于补偿的有效性
赔偿与补偿的本质区别：
- 赔偿通常指的是因违法行为给当事人造成的损失所进行的填补，其性质是对违法行为的纠正和补救。
- 补偿则是在合法行为下，对当事人因公共利益需要而遭受的损失所给予的合理弥补。
赔偿少于补偿的合法性：
- 如果强拆行为被确认为违法，那么赔偿应当基于实际损失进行，旨在恢复当事人因违法行为而遭受的损失状态。
- 赔偿数额少于原本应得的补偿数额，并不直接决定赔偿决定的合法性。关键在于赔偿是否充分、合理地反映了当事人的实际损失。
- 若赔偿决定未能充分反映实际损失，当事人有权通过法律途径寻求救济，要求增加赔偿数额。
法律救济途径：
- 当事人对赔偿决定不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求重新确定赔偿数额。
二、起诉期限的限制
行政赔偿申请的提出期限：
- 根据相关法律规定，公民、法人或其他组织在确认政府强拆行为违法后，应向赔偿义务机关提出行政赔偿申请。申请期限自知道或应当知道强拆行为侵犯其合法权益之日起计算，通常为两年。
对不予赔偿或赔偿决定有异议的起诉期限：
- 若赔偿义务机关在规定期限内未作出赔偿决定，或当事人对赔偿决定有异议，可在期限届满之日起三个月内向人民法院提起行政赔偿诉讼。
- 这一期限是法定的，当事人必须严格遵守，否则可能丧失寻求法律救济的机会。
特殊情况下的起诉期限：
- 因不可抗力或其他不属于自身原因耽误起诉期限的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。其他原因导致起诉期限被耽误的，障碍消除后的十日内，可以申请延长期限，是否准许由人民法院决定。
三、建议与注意事项
及时主张权利：
- 当事人在面对强拆等行政行为时，应尽快了解自己的权利和义务，及时提出赔偿申请，并关注起诉期限的限制。
保留证据：
- 当事人应妥善保留与强拆行为相关的证据，如照片、视频、文件等，以便在后续的法律程序中证明自己的损失和权益。
寻求专业帮助：
- 由于行政赔偿案件涉及的法律规定和程序较为复杂，建议当事人在遇到问题时及时咨询专业律师，以确保自己的合法权益得到有效维护。
总结来说，强拆违法的行政赔偿决定赔偿少于补偿并不直接决定其合法性，关键在于赔偿是否充分反映了当事人的实际损失。同时，当事人必须严格遵守起诉期限的限制，及时主张自己的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。