雇主垫付的医疗费在交通事故案件中一般不可单独主张，但存在特定情形下的处理方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般原则：不得重复主张医疗费损失
在交通事故中，如果受害人（如员工）已经从侵权方（如交通事故责任方）获得了医疗费赔偿，那么其不得再就同一笔医疗费向雇主或其他责任方重复主张。这是因为，医疗费作为实际发生的损失，应当遵循“损失填补”原则，即受害人不能因同一损失获得双重赔偿。
法律依据与案例：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》第四十二条及相关司法实践，劳动者因第三人侵权造成人身损害并构成工伤的，如果已经获得侵权赔偿，用人单位承担的工伤保险责任应扣除第三人已支付的医疗费等实际发生的必要费用。
- 案例中，张某在上班途中发生交通事故，不承担事故责任，并获得了保险公司的赔偿，其中包括医疗费。随后，其雇主吴某垫付了医疗费，但张某不得将吴某垫付的医疗费抵算工伤待遇赔偿款，因为这构成了重复主张。
二、特定情形下的处理方式
雇主垫付医疗费后的追偿权：
- 如果雇主在员工受伤后垫付了医疗费，而员工后续从侵权方获得了医疗费赔偿，那么雇主有权就垫付的医疗费向员工追偿，或者更准确地说，是向侵权方追偿（如果侵权方已赔偿员工）。但在实际操作中，由于员工已获得赔偿，雇主通常需要直接向员工主张返还垫付的医疗费。
- 处理方式：雇主可以与员工协商，要求其返还垫付的医疗费；如果协商不成，雇主可以通过法律途径（如诉讼）来主张权利。
雇主未参与工伤保险的情况：
- 如果雇主未为员工参加工伤保险，而员工在交通事故中受伤并获得了侵权方的医疗费赔偿，那么雇主可能不需要直接支付医疗费。但在此情况下，如果员工主张工伤待遇，雇主可能需要承担其他工伤相关费用（如伤残补助金、停工留薪期工资等）。
- 注意点：即使雇主未参加工伤保险，员工仍有权主张工伤待遇，且工伤待遇与交通事故赔偿可以并行主张（但医疗费不得重复主张）。
雇主与员工之间的特别约定：
- 如果雇主与员工之间有特别约定（如雇主承诺承担员工因交通事故产生的全部医疗费，无论是否获得侵权方赔偿），那么该约定可能具有法律效力。但在此情况下，雇主需要谨慎考虑约定内容，避免给自己带来不必要的法律风险。
- 建议：雇主在与员工签订劳动合同时，应明确约定工伤处理及医疗费承担等相关条款，以减少后续纠纷。
三、法律建议
- 对于雇主：在员工受伤后垫付医疗费时，应保留好相关凭证（如医疗费发票、付款记录等），以便后续追偿。同时，应与员工明确沟通垫付医疗费的性质及后续处理方式，避免产生误解。
- 对于员工：在获得侵权方赔偿后，应及时与雇主沟通垫付医疗费的返还事宜。如果雇主主张返还垫付的医疗费，员工应配合处理，避免引发不必要的法律纠纷。
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