核心结论：通常情况下，农村土地承包合同中承包人对该土地享有合法的承包经营权，效力优先；而城镇居民一般不能取得农村土地的林权证，若存在此类情况，该林权证可能因主体不适格而存在效力瑕疵，不能对抗合法的土地承包经营权。以下为详细分析：

1. 从土地性质和承包主体资格角度
   • 农村土地承包经营权是基于农村集体经济组织成员身份而取得的。根据相关法律规定，农村土地承包采取农村集体经济组织内部的家庭承包方式，承包主体是本集体经济组织的农户。也就是说，只有符合特定身份的农村集体经济组织成员才有资格承包本集体经济组织的土地。
   • 城镇居民不属于农村集体经济组织成员，不具有承包农村土地的主体资格。因此，城镇居民取得的所谓“林权证”，如果涉及的是农村集体土地，从主体资格上来说就是不合法的。而农村土地承包合同是本集体经济组织成员与集体经济组织之间依法签订的，主体适格，合同内容符合法律规定的，具有法律效力，承包人对承包土地享有合法的承包经营权。
2. 从物权效力角度
   • 土地承包经营权属于用益物权，承包人自承包合同生效时取得土地承包经营权。这种物权是依法设立的，受到法律的保护。承包人可以在承包土地上从事农业生产等活动，并享有相应的收益权。
   • 如果城镇居民持有的林权证所涉及的土地与农村土地承包合同中的土地是同一位置，由于城镇居民取得林权证的行为可能违反法律规定，其所谓的“林权”不能对抗承包人依法取得的土地承包经营权。在发生权属争议时，通常会以合法的土地承包合同为依据来确定土地的使用权归属。
3. 特殊情况说明
   • 当然，也存在一些特殊情况。比如，可能存在历史遗留问题或者某些特定的政策原因导致城镇居民取得了相关权证。但即便如此，如果这种取得方式不符合现行法律规定，在面临土地权益争议时，也很难得到法律的支持。而且，随着法律制度的不断完善和对农村土地权益保护的加强，这种不符合主体资格的权证效力会受到更严格的审查和限制。

建议：如果遇到此类土地权益争议问题，建议及时收集相关证据，如土地承包合同、权证文件、土地使用情况证明等，通过合法的途径解决争议，如协商、调解或者向有关部门申请确权等。如果你还有其他关于土地权益方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。